07 2024 档案
摘要:课程准备阶段,介绍最简明安装流程,安装过程中如果遇到其他问题,请移步官方教程。第三方软件只提供个人安装心得。 软件安装环境默认为linux。 软件支持 SPONGE(Simulation Package tOward Next GEneration molecular modelling)是由北京大
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摘要:在XPONGE建模完成后,使用SPONGE软件完成能量极小化-NVT-NPT-正式模拟流程
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摘要:研究蛋白与药物分子结合的体系中,模拟盒子包含以下几个部分:A.蛋白 + B.有机配体分子 + C. 溶剂水分子。这一过程包括以下几个步骤:a. DSDP:蛋白-配体对接; b. XPONGE:蛋白-配体建模,加溶剂; c. SPONGE:分子动力学模拟; d. XPONGE:数据简单后处理。
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