SPONGE常用教程0：软件安装教程

课程准备阶段，介绍最简明安装流程，安装过程中如果遇到其他问题，请移步官方教程。第三方软件只提供个人安装心得。
软件安装环境默认为linux。

软件支持
SPONGE（Simulation Package tOward Next GEneration molecular modelling）是由北京大学高毅勤课题组开发的分子动力学模拟程序。
XPONGE 使用python编写的分子动力学模拟前后处理工具。
DSDP 使用GPU开发的蛋白-分子对接工具。

第三方软件[若集群无法联网，请下载安装包安装]
MGLtool(https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/)
openbabel(pip install openbabel)(conda install -c conda-forge openbabel)
MDanalysis(pip install MDAnalysis)
VMD
pyscf(pip install pyscf)
torch(pip install torch==1.12.1+cu116 torchvision==0.13.1+cu116 torchaudio==0.12.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu116)
XpongeLib(pip install XpongeLib)

SPONGE安装：
在官网找到最新下载版本，拷贝到文件夹中。

unzip sponge_v1.4.zip 
#解压文件夹，目录下会产生SPONGE文件夹
cd SPONGE
#进入安装目录，此时目录下应该包括“Makefile”文件，确认机器的cuda环境及资源：
nvcc -V
#如果显示“Command 'nvcc' not found”字段，请安装[cuda](https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-toolkit-release-notes/index.html#cuda-major-component-versions__table-cuda-toolkit-driver-versions), 集群环境请使用module load指令加载cuda
module load CUDA/12.0
#再次确认cuda是否正确安装：
nvcc -V

#确认gcc版本
gcc -v
#正确安装的话末行会显示“gcc version **.*.0”，目前版本的sponge要求gcc版本不低于9.0，低了可以加载高版本的gcc
make -j 8
#安装程序，此时会编译一段时间，正确安装会显示下图

#此时目录中会出现可执行文件“SPONGE”，运行简易测试
./SPONGE
#正常运行会开始屏幕输出模拟结果。在集群环境，通常需要申请GPU资源提交任务才能运行。

XPONGE安装：

python3
#测试python环境，若无，请加载python
module load python
python3
#存在python环境，如图所示，后续python3代码需要先敲python3进入命令行，不再赘述

#安装python包Xponge
pip3 install xponge
#若集群无法联网，请下载安装包到文件夹再进行安装：

DSDP安装：
需要下载安装包：https://spongemm.cn/dsdp.zip
需要有conda环境，在集群中通常可以通过module load获取

module load anaconda3
#将dsdp.zip拷入个人文件夹中
unzip dsdp.zip
#进入DSDP文件中，其中存在“DSDP.yml”文件
cd DSDP
#安装DSDP所依赖的python包
conda env create -f DSDP.yml
#进入名为DSDP的conda环境
conda activate DSDP
#安装redocking功能包
cd DSDP_redocking
make
cd ..
#安装blind_docking功能包
cd protein_feature_tool
g++ protein_feature_tool.cpp -o protein_feature_tool
cd ..

cd surface_tool
make
cd ..

cd DSDP_blind_docking
make
cd ..