摘要：
前序课程1 前序课程2 场景简述 蛋白与配体对接后，采用通常的分子动力学模拟，通常会采样得到势阱附近的大量结构（如下图左L-P），即蛋白-配体结合构象的平均系综。如果想要探究蛋白-配体解离过程，需要克服一个解离能垒，去到L-P*，甚至更远的L+P解离状态。这时候静候模拟体系自然地运动过去是不现实的（ 阅读全文
摘要：
前序课程1 前序课程2 目录 应用场景简述；- [ Done ] DSDP:蛋白-配体对接；- [ Done ] XPONGE：蛋白-配体建模，加溶剂；- [ Done ] SPONGE：能量极小化-NVT-NPT-正式模拟；- [ Done ] XPONGE：数据简单后处理。 5. XPONGE： 阅读全文
摘要：
课程准备阶段，介绍最简明安装流程，安装过程中如果遇到其他问题，请移步官方教程。第三方软件只提供个人安装心得。 软件安装环境默认为linux。 软件支持 SPONGE（Simulation Package tOward Next GEneration molecular modelling）是由北京大 阅读全文
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在XPONGE建模完成后，使用SPONGE软件完成能量极小化-NVT-NPT-正式模拟流程 阅读全文
摘要：
研究蛋白与药物分子结合的体系中，模拟盒子包含以下几个部分：A.蛋白 + B.有机配体分子 + C. 溶剂水分子。这一过程包括以下几个步骤：a. DSDP:蛋白-配体对接; b. XPONGE:蛋白-配体建模，加溶剂; c. SPONGE:分子动力学模拟; d. XPONGE:数据简单后处理。 阅读全文