摘要: Single-cell mapping of the thymic stroma identifies IL-25-producing tuft epithelial cells 免疫学系,以色列魏茨曼科学研究所; 法国蒙彼利埃大学,细胞生物学系UNION PUBLIC FOR SOME KEY W 阅读全文
posted @ 2018-08-06 17:33 becky_gogogo 阅读(359) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 最后建议去一次当地年轻人的pub酒吧,不是喝小酒的bar而是真正的迪吧才是切实英伦生活的一部分啊哈哈~ 阅读全文
posted @ 2018-08-06 07:13 becky_gogogo 阅读(143) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在分析了若干转录组之后发现,处理数据的时候最重要的不是技巧多么绚丽,你调包的能力有多么强。而是把基本的概念特别是统计和数学上的方法咬烂嚼吐,才是真正理解和掌握了分析数据的底层原理: 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行normalization是一个extreme 阅读全文
posted @ 2018-07-05 21:50 becky_gogogo 阅读(3030) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: A number of tests are available to determine if a data set is distributed in a bimodal (or multimodal) fashion. Graphical methods:图想法用均值、方差、峰度、偏斜度来plo 阅读全文
posted @ 2018-07-04 15:50 becky_gogogo 阅读(673) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 老生常谈的scRNASeq基本操作和原理: scrnaseq 的测序方法发展的年表: 在看一下列表: 分选单细胞的96孔板: 分析前的常规数据处理:FastQC、Trimming Reads、Demultiplexing(identify cell containing droplets)、usin 阅读全文
posted @ 2018-07-02 15:00 becky_gogogo 阅读(3192) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: using the package “MICE” install.packages('mice')library('mice')pMiss <- function(x){sum(is.na(x))/length(x)} apply(AFE_psi[,c(12:70)], 1, pMiss)apply 阅读全文
posted @ 2018-06-29 17:36 becky_gogogo 阅读(232) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 求二元二次方程的偏导数: > fun=expression(x^2+y^2+x*y)> D(fun,"x")2 * x + y> D(fun,"y")2 * y + x> D(D(fun,"x"),"x")[1] 2> D(D(fun,"x"),"y")[1] 1 继续:要求函数x 2 +y 2 + 阅读全文
posted @ 2018-06-25 15:06 becky_gogogo 阅读(128) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Some biases in the standard rnaseq analysis 有参拼接:Stringtie 、 Cufflinks and Traph flow network algorithm : maximal and minimal methods respectively 无参组 阅读全文
posted @ 2018-06-25 13:23 becky_gogogo 阅读(236) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 做回归之我的一般操作step: scatterplot()或者直接plot()观测数据,选择合适的回归模型 检验异常点 检验高杠杆点 检验方差齐性 检验多重共线性(寻找共线性强的解释变量组合) 逐步回归(向前,向后,双向) 全子集回归 假设检验之后得出最优回归方程。再用方程做预测以及数据分类,降维聚 阅读全文
posted @ 2018-06-18 16:10 becky_gogogo 阅读(347) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 鲁棒性很好的可变剪切探测 北卡2016年1月发表在Nucleic Acids Research上的一篇Methodology 当然主要是为了介绍他们的SingleSplice 软件,python脚本实现。但是we should focus on its specific strategies to 阅读全文
posted @ 2018-06-18 15:55 becky_gogogo 阅读(179) 评论(0) 推荐(0) 编辑