摘要: · Hypergeometric 超几何检验,是适应于类似单细胞数据中的高纬度数据的相似性相关性检验,更多的找出高表达与不表达基因之间的差异。亦可以用于ratio的值。 · Kruskal-Wallis rank sum test 是大于三组的时候使用的秩和检验,类似参数检验中的anova,同样其中 阅读全文
posted @ 2019-03-11 22:38 becky_gogogo 阅读(605) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 基于前人的研究,我们已经总结出非常多的二代测序基因定量的方法。 gene-level:DESeq2、TMM、edgeR、limma、etc。但是转录本定量在目前二代测序的短reads上是很难实现的。 isoform level:DRIMseq、Salmon、Stringtie、Cufflinks、 阅读全文
posted @ 2019-03-11 21:43 becky_gogogo 阅读(2132) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 首先拿到二代测序下机数据fastq,STAR软件比对之后我们提取junction counts的文件信息。利用R统计语言中的multiple merge将所有样本的junction counts整合到一个表里面。 下面是自己开发R流程,DSU(目前是bulk数据和singlecell的数据都适用,本 阅读全文
posted @ 2019-03-11 17:43 becky_gogogo 阅读(408) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 全套R代码复刻: WGCNA installsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(c("AnnotationDbi", "impute","GO.db", "preprocessCore"))install.packages(c( 阅读全文
posted @ 2019-03-11 17:39 becky_gogogo 阅读(4447) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 清华生物信息学 1MOE Key Laboratory of Bioinformatics, Bioinformatics Division TNLIST / Department of Automation, Tsinghua university 实验室17年4月的在核酸研究上的文章,开发了sh 阅读全文
posted @ 2019-03-11 16:40 becky_gogogo 阅读(516) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Method One: library(GenomicRanges) library(GenomicFeatures)library(annotatr)makeTxDbFromGFFtxdb <- annotatr::makeTxDbFromGFF(gff_file, format="gtf") G 阅读全文
posted @ 2019-03-11 15:19 becky_gogogo 阅读(3751) 评论(0) 推荐(0) 编辑