shell批量处理vasp任务的小例子

使用vasp计算结构中一系列单个氧缺陷形成能,在此构建氧空位并提交计算任务

首先POSCAR中O的数量减一

#建立氧缺陷

for i in {4,19,40,43};do sed $[i+9]d ori > ${i}.vasp ;done 

#建立目录下的.vasp列表

mulu=`ls *.vasp`

#建立.vasp对应目录，将.vasp移入

for i in $mulu;do mkdir ${i}.d;cp $i ${i}.d;done

#建立所有目录的列表

amulu=`ls -d */`

#提交作业（rtin为笔者自动补齐 POTCAR、INCAR、KPOINTS、vasp.pbs 的脚本）

for i in $amulu;do cd $i;mv * POSCAR;rtin;qsub vasp.pbs;cd ..;done