MPICH2在两台Ubuntu上安装（用mpd做进程管理）
本文在经过大量的实验终于不负众望成功的在两台Ubuntu 12.04上部署MPI的一个小型集群，MPICH2所用版本为mpich2-1.4.1，下载地址：http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads
1.安装准备
1.1 首先肯定是需要安装GCC和G++编译器，这个直接apt-get就OK了;
sudo apt-get g++ gfortran
1.2 设置主机名
先在/etc/hosts中删除原来的hostname,然后 vi /etc/hostname改成你想要的，注意必须顶行写。然后使用hostname命令来重新得到hostname, logout一下再login就会改掉。
这里我用的是node1-ubuntu和node2-ubuntu。
1.3 修改hosts文件，修改如下：
192.168.1.133 node1-ubuntu server
192.168.1.135 node2-ubuntu
1.4 配置自动ssh登录
这里主要是要各个机器之间能无密码访问，主要用到的就是SSH，因此需要一些设置。
首先，我们需要导出各个节点的公钥和私钥：
$ ssh-keygen -t rsa
在运行过程中，会提示你输入这个输入那个，不用管那么多，直接回车就完了。等运行结束后，进入.ssh目录，你会看到公钥和私钥文件；
$ cd ~/.ssh
$ ls
id_rsa id_rsa.pub
其中id_rsa就是私钥，id_rsa.pub就是公钥，现在我们需要把各个节点上的公钥都集中发送到一个节点上，来制作授权文件（authorized_keys）.
注意：在两台机器必须安装ssh（sudo apt-get install ssh openssh-server）而且必须设置root密码(sudo passwd root),才能远程登录
$ scp ~/.ssh/id_rsa.pub node1-ubuntu:~/.ssh/1.pub
在将node2-ubuntu拷贝到node1-ubuntu后，在node1-ubuntu进行如下处理：
$ cp ~/.ssh/id_rsa.pub authorized_keys
$ cat ~/.ssh/1.pub >> authorized_keys
在node1-ubuntu上制作好的authorized_keys拷贝到node2-ubuntu上：(node1-ubuntu使用scp)
$ scp ~/.ssh/authorized_keys node2-ubuntu:~/.ssh/
要想让这两台机器无密码登录，所以我们需要更改一下必要的文件的权限（所有节点都要更改）：其实只要保证authorized_keys的文件权限为600或者644
$ chmod 755 ~ $ chmod 755 ~/.ssh $ chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys $ chmod 600 ~/.ssh/id_rsa $ chmod 644 ~/.ssh/id_rsa.pub
至此，SSH配置就完成了。下面检验一下：
在一个主机上面SSH另一个主机：
$ ssh node1-ubuntu
2.安装MPICH2
2.1 首先将下载的文件解压，下载的文件在当前用户目录里面的“下载”目录里面，我直接解压到当前目录：
$ tar xvfz mpich2-1.4.1.tar.gz
2.2 安装官方文档配置的，可以查看解压后的README文档参考：由于是bash，因此选择以下命令，prefix指示安装路径，USERNAME就是当前用户的用户名,由于这里我不用fortran，因此加上参数（--disable-f77 and --disable-fc），
在此之前当然要建立安装MPICH的路径，也就是：
$ mkdir mpich2
运行shell程序configure对mpich进行一些配置，使用hydra作为pm
$ ./configure --prefix=/home/<USERNAME>/mpich2 --with-pm=mpd:hydra --disable-f77 --disable-fc 2>&1 | tee c.txt
而且在之前的安装过程中，我发现如果不禁止fortran，安装会出问题，会导致MPICH2安装不完全而出错，是因为没有安装fortran编译器，如果使用C/C++的话，这里建议禁用fortran。
接下来，编译和安装：
$ make 2>&1 | tee m.txt
$ make install 2>&1 | tee mi.txt
安装完成后，会有如下情况：
至此，MPICH2安装完成。
2.3 设置进程的配置环境
这里所说的配置文件主要是进程管理的配置文件，hydra是默认的进程管理，smpd只支持MPICH2的windows版本，这里我们使用mpd。这段配置的详细情况见官方安装文档（章节：Installing and Managing Process Managers）：http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/documentation/files/mpich2-1.5-installguide.pdf
MPI应用一个管理器来管理运行MPI程序，这个管理器就是mpd，但是在正式开始运行mpd前还需要一个基于安全考虑的配置文件，.mpd.conf，而这个文件只能由用户读写，创建文件如下：(在每个结点上)
1 cd $HOME 2 touch .mpd.conf 3 chmod 600 .mpd.conf
注意：$HOME是看你处于那个用户下还是root权限下，取决于你运行的权限问题。
然后在文件中写入secretword=***,***在参与的计算机上必须完全一致。
建立hosts文件：（在每个参与计算的计算机上都要有mpd.hosts）
$ sudo vim ~/mpd.hosts
文件的结构如下：
# Some Comments
MainNode:8 # other comments
Node1:2
Node2:2
每行中由冒号（:）分隔的前半部分表示节点，可以使用节点名也可以使用IP地址，貌似不区分大小写；后半部分表示可用的CPU数量。注释用“#”前导。根据你的实际情况撰写hosts文件。
编辑如下：
node1-ubuntu #192.168.1.133
node2-ubuntu #192.168.1.135
至此，设置完毕进程环境。
2.4 设置环境变量
这里设置环境变量主要是将MPICH的安装目录加到系统环境变量中，这里我在/etc/environment中加入对应的路径：
用vim编辑器打开/etc/environment：
$ sudo vim /etc/environment
输入密码之后，将下面语句添加到最后一行：
PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/home/awy/mpich2/bin"
3.验证是否成功：
1 $ which mpd 2 /home/awy/mpich2/bin/mpd 3 $ which mpicc 4 /home/awy/mpich2/bin/mpicc 5 $ which mpiexec 6 /home/awy/mpich2/bin/mpiexec 7 $ which mpirun 8 /home/awy/mpich2/bin/mpirun
这样就说明mpich已经安装成功了。
4.测试：
启动运算集群：
1 /home/awy# mpdboot -n 2 -f mpd.hosts
-n表示要启动的机器个数，一般是不大于mpd.hosts文件中的机器数，比如本文中的例子就是两台机器。这样，列表中的机器就会启动其本机上的mpd管理器。
测试MPICH源码包里example下的cpi，然后在主节点下运行：
# mpiexec -np 2 ./Download/mpich2-1.4.1/example/cpi
mpd在运行过程中，可以通过mpdtrace显示参与计算的机器名，mpdtrace –l则是显示机器名以及其端口.
5.问题解决
5.1 通过mpdcheck获得一些帮助信息
1 $ mpdcheck -pc
5.2 查错
1 $ mpdcheck -l
5.3 通过mpd.hosts文件查错
1 $ mpdcheck -f mpd.hosts //如果无错误 2 $ mpdcheck -f mpd.hosts -ssh
5.4 如果上述无错误，可略过此步
对任意两台机器进行查错
node1-ubuntu: $ mpdcheck -s //输出主机名host和端口port
node2-ubuntu: $ mdpcheck -c host port
以上四步都是在没有运行mpd的情况下进行的。
5.5 mpd查错
node1-ubuntu: $ mpd -e & //返回使用的端口
node2-ubuntu: $ mpd -h node1-ubuntu -p echoed_port_node1-ubuntu &
以上测试通过，集群系统就建成了。
