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seqtk截取reads（fastq文件） 可以按比例截取（如抽出比例为0.014的reads) seqtk sample name_1.fq.gz 0.014 > name_new_L1_1.fq 也可以按reads条数截取（建议小的fastq文件这样操作，如果reads过大占用内存也会过大，当需 阅读全文
posted @ 2021-12-27 11:08
maxsmile17
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摘要：
参考基因组fasta文件添加index 命令一 #faidx index samtools faidx *.fa 命令二 (投递任务时，500M内存够用) # bwa index bwa index -a bwtsw *.fa 命令三 #picard index java -jar picard.j 阅读全文
posted @ 2021-03-10 15:50
maxsmile17
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class 调用 class A(): def a(): test = A() test.a() 阅读全文
posted @ 2021-03-10 15:46
maxsmile17
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判断两个数组是否是彼此的排列 return sorted(str1) == sorted(str2) 麻烦一些的做法 if str1 is None or str2 is None: return False char1=[] for i in str1: char1.append(i) check 阅读全文
posted @ 2021-03-10 15:44
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移除列表中某个值的第一个匹配项 list.remove(obj) obj 是匹配的内容 阅读全文
posted @ 2021-03-10 15:42
maxsmile17
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判断string里是否只包含唯一字符 len(set(string)) == len(string) 阅读全文
posted @ 2021-03-10 15:41
maxsmile17
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判断一个字符是否是中文 elif '\u4e00' <= i <= '\u9fff' i 为需要判断的字符 阅读全文
posted @ 2021-03-10 15:40
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安装模块 python -m pip install module module 是模块名字 阅读全文
posted @ 2021-03-10 15:39
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不解压查看压缩包内容 使用 unzip -l 命令就可以查看压缩文件中内容 unzip -l 阅读全文
posted @ 2021-03-10 15:37
maxsmile17
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主要参考annovar官网 https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/startup/ 里面写道 First, we need to download appropriate database files using an 阅读全文
posted @ 2021-03-10 14:31
maxsmile17
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