使用sratoolkit下载NCBI数据

如何使用sratoolkit下载NCBI数据?
比如我想下载这个研究的数据,

使用prefetch命令,输入对应的SRA号码
prefetch SRR10861695

默认下载限制是20G的数据,如果下载的数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G
prefetch --max-size 100G SRR10861695

如何修改默认配置,特别是下载数据的存放位置
vdb-config -i

进入这个界面,需要按照指示操控键盘进行修改

如果上面这个配置感觉很慢,可以考虑用文本交互的方法,命令是
vdb-config -i --interactive-mode textual


如图,如果修改存储位置,输入4,回车即可。

posted @ 2020-04-09 13:56  maxsmile17  阅读(3376)  评论(0编辑  收藏  举报