mol 文件格式简单解析（v2000）
前言
.mol 文件是常见的化学文件格式，主要包含分子的坐标、分子间的键等数据。
示例文件
下面是一个水分子的 .mol 文件
H2O
APtclcactv05052315543D 0 0.00000 0.00000
3 2 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
-0.0000 -0.0589 -0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0.8110 0.4677 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.8110 0.4677 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 2 1 0 0 0 0
1 3 1 0 0 0 0
M END
文件组成
文件头部
共有3行组成，第一行是文件名或者化学式，第二行是创建的程序名和相关的信息，第三行是注释行，默认为空。
计数行
计数行代表下面的原子数等，格式如下，如数字不够三位则前一位以空格填充
aaabbblllfffcccsssxxxrrrpppiiimmmvvvvvv
| 占位符 | 解释 |
|---|---|
aaa |
原子个数，最大 255 个 |
bbb |
化学键个数，最大 255 个 |
lll |
原子列表个数，最大 30 个 |
fff |
弃用 |
ccc |
手性，0 代表无手性，1 代表有有手性 |
sss - iii |
弃用 |
mmm |
弃用，代表分子其他属性值行数，现在新文件默认为 999 |
aaa |
原子个数，最大 255 个 |
vvvvvv |
一般为 v2000，也有 v3000 |
原子块
下面数行（数量与 aaa 一致）为原子的位置信息，格式如下
xxxxx.xxxxyyyyy.yyyyzzzzz.zzzz aaaddcccssshhhbbbvvvHHHrrriiimmmnnneee
| 占位符 | 解释 | 备注 |
|---|---|---|
x、y、z |
原子的位置信息，单位为埃，为5位整数（包含负号）和4位小数 | |
aaa |
元素类型 | |
dd |
原子质量差异（同位素），取值范围为[-3, 4] | |
ccc |
电荷数，0 = 无电荷, 1 = +3, 2 = +2, 3 = +1, 4 = 双自由基, 5 = -1, 6 = -2, 7 = -3 |
|
sss - eee |
其他参数，基本不用 |
化学键块
之后数行是化学键的信息，格式如下
111222tttsssxxxrrrccc
| 占位符 | 解释 | 备注 |
|---|---|---|
111 |
自 1 开始的原子序号 | |
222 |
自 1 开始的原子序号 | |
ttt |
类型，1 = 单键, 2 = 双键, 3 = 三键, 4 = 芳香环 |
|
sss |
手性，1 = 左手，2 = 右手 |
|
xxx - ccc |
其他参数，基本不用 |
属性块
M 开头来表示一个属性，一行为一个属性，属性块最后一行用 M END 结尾，常用属性如 M CHG 8 aaa vvv 代表分子中某原子的带电属性，其中 8 该行可以写 1~8 个 aaa vvv，aaa 代表原子序号，vvv 代表电荷值
