脱靶网站CHOPCHOP
1.脱靶网站CHOPCHOP
CHOPCHOP是用于设计基因敲除用sgRNA,还可以用来设计基于CRISPR的基因激活、沉默等,同时也是针对多种物种的。
首先在官网界面,输入基因名字或Fasta序列,选择相应的物种,然后点击运行即可搜寻候选的sgRNA
以5593为例:输入基因名字、选择芝麻物种
结果界面:
选择排名第一的:TTGTGACGGAATGAGACGGGCGG
根据文件设计引物:
F:ATTGTTGTGACGGAATGAGACGGGCGG
R:AAACCCGCCCGTCTCATTCCGTCACAA
TTGTGACGGAATGAGACGGGCGG
CCGCCCGTCTCATTCCGTCACAA