脱靶网站CHOPCHOP

1.脱靶网站CHOPCHOP

CHOPCHOP是用于设计基因敲除用sgRNA，还可以用来设计基于CRISPR的基因激活、沉默等，同时也是针对多种物种的。

首先在官网界面，输入基因名字或Fasta序列，选择相应的物种，然后点击运行即可搜寻候选的sgRNA

以5593为例：输入基因名字、选择芝麻物种

 

 

 

结果界面：

 

 

 

选择排名第一的：TTGTGACGGAATGAGACGGGCGG

 

根据文件设计引物：

F:ATTGTTGTGACGGAATGAGACGGGCGG

R:AAACCCGCCCGTCTCATTCCGTCACAA

TTGTGACGGAATGAGACGGGCGG

CCGCCCGTCTCATTCCGTCACAA

 

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