基因染色体定位

1.基因染色体定位TBtools

Graphics-show gene on chr-第一个

 

 

文件准备：

①染色体长度信息

②基因位置信息

 

 

 

#①：染色体长度文件

用基因组序列提取每条染色体的长度信息，结果是NC_开头的基因组编号，不是染色体号

记录了每条染色体的长度信息。只要有基因组序列文件，可以使用 TBtools 的 Fasta Stat 直接生成一个。

Sequence Toolkit-Fasta Tools-Fasta Stats，勾选keep only

(1)基因组序列文件，Fasta格式

 

 

 

 

(2)输出的染色体长度信息：ChrLen.tab.txt-两列-第一列把NC改为LG系列    NC_:完整的基因组分子序列，标记的类别包括基因组、染色体、细胞器、质粒。

 

基因染色体定位图的调节

chr Label Font：染色体标签设置

Gene Label Font：基因标签设置

 

 

 chr Bar Color:染色体内部的颜色

 chr Bar Border:染色体外边框

1.基因染色体定位TBtools怎么让染色体标签在上面，而不是在在左边。

用TBtools做基因染色体定位图，怎么让染色体标签在上面，而不是在在左边。

点击：下面是方块，上面是圆圈。

问题

1.染色体旋转

2.基因字体颜色设置

3.加横的标签。

4.上边界的距离怎么增加些。不用

 

答：

1.点染色体标签，把圆圈放平。

2、3②group elements组元素

 

 1.elements editor元素编辑器

①curr,element当前，元素

delete elenment:删除元素,不选

fill collor：选null

Boarder Color边框颜色：选择黑色，selected

fill Alpha:不懂

Boarder Stroke

Rotate Angle旋转角度

element type元素类型

gradient type渐变型

Z-Rank

 

②group elements组元素

③selected elements选定的元素

 

2.panel editor面板编辑器merge selected panels合并选定的面板

merge all panels

polar panel