virtualbox Ubuntu虚拟机中安装Anaconda和代码搬运随记

前天硬盘崩了，导致昨天一天都在装软件配环境，其中最大的损失是两个虚拟机都没了，配环境的过程中踩了不少坑，把遇到的一些问题记在这里，virtualbox 中安装Ubuntu之类的琐事不再赘述。

一、Ubuntu安装Anaconda

（1）在清华的镜像站上下载，选择.sh文件下载安装即可。

（2）像官方文档说的一样用apt-get install libgl1-mesa-glx libegl1-mesa libxrandr2 libxrandr2 libxss1 libxcursor1 libxcomposite1 libasound2 libxi6 libxtst6来安装。

唯一需要注意的是如果按默认设置安装的话，anaconda并不会被添加到环境变量，即在命令行中输入conda会显示未找到命令。

添加anaconda到环境变量：

 

 

 如上所示，打开bashrc后在文件的末位输入 export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH，然后用source生效即可。

二、Anaconda环境的配置

常用命令：

创建一个新环境：conda create -n 环境的名字 python=X.X。比如要创建一个叫snowflakes的环境并安装BioPython这个包就可以用下面这条语句（翻译自getting started文档）：

conda create --name snowflakes biopython ,我自己是创建了一个叫ML的环境来专门做机器学习。

启动环境：想要启动这个环境就可以用 source activate ML，要注意创建环境后命令行会提示可以用conda activate来启动环境，但是Linux下应该用source activate。

用pip导出包目录并安装在linux下可以参考这段代码

pip freeze > pack.txt #导出包目录到pack.txt文件
pip install -r pack.txt -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple 
#安装pack.txt中的包并从阿里云镜像中下载
while read requirement; do sudo pip2 install $requirement; done < requirements.txt    #该命令可以跳过安装错误的库，继续安装

最后要注意如果遇到了不能安装的包并且跳出安装，那么已经显示安装成功的包也无法使用，pip list也看不到这些包。

列出所有环境的名称和路径：conda info --envs 

查找python解释器的位置：Windows当中经常在script文件夹下，linux用anaconda安装后可以在虚拟环境中用下面的代码找到解释器的位置。

import sys
sys.executable

三、用共享文件夹来搬运代码

在virtualbox中选择共享文件夹，设置为固定分配（不选择自动挂载）。然后进入虚拟机在命令行中输入以下代码：

sudo mkdir /share #创建文件夹

sudo chmod 777 /share

#其中 7 表示4+2+1，也就是rwx，即读、写、运行的权利，三个7分别代表对文件所有者、同一群组的用户、其他用户的读写执行权利。整个语句的意思就是对所有用户开放这个文件的读写执行权利。

sudo mount -t vboxsf uBuntuSharePath /share

#mount用于挂载系统外的文件，-t指定档案系统的形态，整个语句的意思就是将uBuntuSharePath这个virtualbox中指定的共享文件夹（注意是下图中设定的名称，不是文件夹的名称）挂在/share文件夹下。

就可以找到share这个文件夹了

 

一点感想：

（1）anaconda的官方文档意外的简单易懂（指英文），getting started文档比一堆博客不知道高到哪里去了。