摘要：
近年来，单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq，scRNA-seq）技术得到了蓬勃的发展，从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况，非常有利于研究细胞间的表达异质性。目前单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）已经广泛应用于各类物种（特别是人、小鼠等）的不同类型组织和细胞系，包括正常和病变细胞等。自从2009年等由汤富酬等人开发出了第一种单细胞转录组测序技术，目前已经有几十种不同的单细胞转录组测序技术相继被开发出来，它们都有各自的特点，拥有特定的优势和缺点。为了正确利用相应的单细胞测序技术开展相关研究和应用，非常有必要充分了解这些不同技术的优缺点。 阅读全文
摘要：
随着单细胞测序技术的发展，每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中，少则产生几百，多则产生几十万的细胞数量，甚至更多。其中，细胞亚型（cell subtype or cell subpopulations）的鉴定是单细胞测序技术一个非常重要的基础应用。但由于单细胞测序数据通常涉及到很多细胞，而每个细胞中的基因数量又可能是几万个，所以，单细胞测序数据是一个高维的复杂数据。 阅读全文
摘要：
无论是传统的多细胞转录组测序（bulk RNA-seq）还是单细胞转录组测序（scRNA-seq），差异表达分析（differential expression analysis）是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法，可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调（up-regulated）和下调的基因（down-regulated），从而可进一步研究这些差异表达基因的功能，包括富集的通路（pathway）或生物学过程（biological process）。 阅读全文