Espritz安装使用

Espritz web地址

http://protein.bio.unipd.it/espritz/work/pid_1009562233/espritz.html

Espritz安装失败 

下载好Espritz ，输入example时报如下错误！

好吧，人家需要的是'GLIBC_2.14'，先查看一下当前系统glibc的情况： 

[ssw@mu01 build]$ strings /lib64/libc.so.6 |grep GLIBC
GLIBC_2.2.5
GLIBC_2.2.6
GLIBC_2.3
GLIBC_2.3.2
GLIBC_2.3.3
GLIBC_2.3.4
GLIBC_2.4
GLIBC_2.5
GLIBC_PRIVATE

好吧，确实没有，安装一下。

1. glibc下载

从http://www.gnu.org/software/libc/ 下载源代码。我下载的版本是2.14，

链接地址是http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.14.tar.gz。

2. 安装

因为glibc库使用广泛，为了避免污染当前系统环境，最好自定义安装目录，使用时定义一下环境变量就行了。具体步骤如下：

[ssw@mu01 ~]$ wget http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.14.tar.gz
[ssw@mu01 ~]$ tar xvf glibc-2.14.tar.gz
[ssw@mu01 ~]$ cd glibc-2.14
[ssw@mu01 glibc-2.14]$ mkdir build
[ssw@mu01 glibc-2.14]$ cd ./build
[ssw@mu01 build]$ ../configure --prefix=/home/ssw/bin/glibc-2.14
[ssw@mu01 build]$ make -j4
[ssw@mu01 build]$ make install

当我们执行

[ssw@mu01 build]$ ../configure --prefix=/home/ssw/bin/glibc-2.14

报如下错误。

 GLIBC_2.14版本以上的基本上都试了一遍，都报以上错误。目前最新版本的是GLIBC_2.24

能安装成功的只有GLIBC_2.10，但是安装GLIBC_2.10没用，软件依赖的至少是GLIBC_2.14的。 

参考：

https://my.oschina.net/zhangxu0512/blog/262275

http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/

http://blog.sina.com.cn/s/blog_54d63a8b0100um60.html

http://blog.sina.com.cn/s/blog_75acbe0b0101596n.html

错误原因：服务器linux系统内核版本太低无法编译高版本的GLIBC_2.14

使用web端

填入E-Mail然后上传fasta序列等候邮件即可，而且web端并没有限制序列的数量。

 

使用网页得到结果。

 

获得数据

等一段时间，我们会收到一封邮件如下。

 

打开连接我们可以获得6721个蛋白的disorder的5个特征。如下图。

 

计算我们自己数据的disorder

准备文件

yeast_gold_protein_pair.csv

 

disorder.csv

 

 代码如下：

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Wed Nov 16 12:46:27 2016
@author: sun
"""
import pandas as pd
yeast_gold_protein_pair=pd.read_csv('yeast_gold_protein_pair.csv',usecols=['idA','idB'])
disorder=pd.read_csv('disorder.csv',index_col=0)
#注loc通过标签选择数据,iloc通过位置选择数据
idA=disorder.loc['sp' + yeast_gold_protein_pair.idA,:]
idB=disorder.loc['sp' + yeast_gold_protein_pair.idB,:]
idA.index=range(len(idA))
idB.index=range(len(idB))
data=pd.concat([yeast_gold_protein_pair,idA,idB],axis=1) 
data.to_csv('gold_protein_disorder.csv',index=False)

gold_protein_disorder.csv

 

来自为知笔记(Wiz)