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单细胞蛋白组文献笔记

Posted on 2022-11-20 22:30  CuiQi  阅读(80)  评论(0编辑  收藏  举报

https://zhuanlan.zhihu.com/p/460339798

 

01. 单细胞蛋白质组学揭示细胞周期时空蛋白图谱 (Spatiotemporal dissection of the cell cycle with single-cell proteogenomics.)

用免疫荧光强度定义蛋白表达量

 02. CoTECH新技术实现单细胞多维表观重构 (Single-cell joint detection of chromatin occupancy and transcriptome enables higher-dimensional epigenomic reconstructions.)

笑死,根本没有蛋白组

03. 利用离子电流提取再定量法(IceR)提高单细胞蛋白质组检测性能(IceR improves proteome coverage and data completeness in global and single-cell proteomics)

一种提高质谱鉴定能力的方法,与MQ相比大约提高30-40%(不很确定,没有复现过,而且文中用了很多指标比较性能)

文中用单细胞大肠杆菌和血浆蛋白进行分析测试,其中单细胞大肠杆菌可以鉴定到200-400个蛋白,需要了解真核可以鉴定到多少蛋白

03.5. 功能性翻译组蛋白质组学揭示 mTORC1和 eIF2α 的收敛性和剂量依赖性调控(Functional Translatome Proteomics Reveal Converging and Dose-Dependent Regulation by mTORC1 and eIF2α.)

文章中原本的第四篇文章有一个重点概念boosting channel很难查到,于是先看这一篇是发明boosting channel的。

 boosting channel:

可以提高同位素标记很少情况下检测出的肽段数量。

04. 单细胞蛋白质组学揭示白血病干细胞异质性 (Quantitative single-cell proteomics as a tool to characterize cellular hierarchies.)

文章没什么很大的创新,提供了一个基于scanpy的单细胞蛋白组学的python包和流程,的结果和图都中规中矩,是nc的水平。

05.利用单细胞蛋白质组学质谱新技术分析巨噬细胞异质性(Single-cell proteomic and transcriptomic analysis of macrophage heterogeneity using SCoPE2.)

很强的文章,优化了很多技术细节,值得深入学习。 

 06.基于嵌套式纳米孔芯片的高通量高效单细胞蛋白组学样品制备方法(High-throughput and high-efficiency sample preparation for single-cell proteomics using a nested nanowell chip)

做了一个更好的微流控芯片,效果有20%左右提升。之后做了很多后续分析。