代码改变世界

随笔档案-2019年06月

下载STRING数据库检索互作关系结果为空,但是在STRING网站却能检索出互作关系,为什么呢???关键词用的是蛋白ID(ENSP开头)

2019-06-18 16:36 by 安达小狗, 1500 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 首先介绍下两种方法: 一、本地分析 1、在STRING数据库下载人的互作文件,如下图,第一个文件 https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=HGrreq5g8nLI&species_text=Homo+sapiens 2、在本地电脑上(linux 阅读全文

有基因ID或者基因名,如何拿到对应的KEGG通路图?

2019-06-18 11:49 by 安达小狗, 13715 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1、https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2、如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色。 3、结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路。 阅读全文

QIIME2使用方法

2019-06-16 22:53 by 安达小狗, 10359 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1、数据准备 现在我们常用的就是这种格式的数据,每个样品一对数据文件 数据来源:https://docs.qiime2.org/2019.7/tutorials/importing/ 2、将数据转换为qza格式(qiime新定义的自己的格式类型,有点编程中对象的含义) 4、双端序列合并成单端 qii 阅读全文