代码改变世界

基因组坐标转换hg19、hg38

2022-01-16 17:03  阿飞与安达  阅读(668)  评论(0)  编辑  收藏  举报

https://www.zxzyl.com/archives/834

 

CrossMap

CrossMap支持SAM/BAM, Wiggle/BigWig, BED, GFF/GTF, VCF格式。支持的格式较多，用起来方便。

软件网址：http://crossmap.sourceforge.net/

安装：pip install CrossMap

当然也可以从源码编译安装，官网有说明（http://crossmap.sourceforge.net/#install-crossmap-from-source-code）。

python CrossMap.py bed    hg19ToHg38.over.chain      APOA1.bed      APOA1.hg38.bed