CentOS 6.8上安装指定版本的注释软件 VEP，release 93.4

按照同事的要求，安装 v93.4

1、软件下载，gitlab中下载软件一定是到 release中找指定的版本下载，不能直接下载master中的版本，因为master中是开发版本，可能不稳定，只有master开发到一个成熟的阶段后，才会发布一个新版本，放到 releases中，如下图 VEP已经有了111个版本了。

https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/releases 

 

 

 实际在网页上直接下载压缩包时遇到了点问题，怎么也下载不下来，然后就到服务器上用git命令来clone了，具体命令：

git clone  https://github.com/Ensembl/ensembl-vep.git 

clone之后默认时master中的代码，用 git tag 可以看到所有的版本号，找到本次的版本： release/93.4 ，然后切换到该tag版本的代码：

git checkout -b 93.4 release/93.4   ，这个时候版本就切换到了93.4 ，如果怕不是当前版本，可以通过看log核实一下：

先看本地的log 最后一次提交：

 

 

 去网页上看这个版本最后一次代码提交对应的标记，如下图的：4143fcd 与我们上图中最后一次提交的标记前7位是一样的（前7位一样基本就能判断是一致的了），说明版本没有问题了。

 

 

 

2、数据库下载，同样按照要求下载指定版本的数据库，下载 GRCh37 版本的3个文件，文件比较大，所以只能放到集群上去下载了，

http://ftp.ensembl.org/pub/release-93/variation/VEP/ 

使用命令，添加-c 是为了断点续传，下载过程中断了好几次，所以每天需要看一下，下载了5天终于全部下载完成:

wget -c http://ftp.ensembl.org/pub/release-93/variation/VEP/homo_sapiens_vep_93_GRCh37.tar.gz  

参考基因组用的是这个版本： ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.gz ，下载解压后放到文件夹：$vep_database/homo_sapiens_refseq/93_GRCh37 ，需要创建索引 fai 和index 文件，这几个是直接从集群上找到的，所以没有具体操作。

3、数据库格式转换 

可以在软件目录下创建两个文件夹 ：vep_database  放数据库（然后解压） ，vep_install 这个放安装过程中的软件包

然后把这两个路径添加到环境变量中：

export VEP_PATH=/share/user1/software/ensembl-vep-release-93.4/vep_install
export VEP_DATA=/share/user1/software/ensembl-vep-release-93.4/vep_database
export PATH=$VEP_PATH/htslib:$PATH
export PERL5LIB=$VEP_PATH:$PERL5LIB

用这个命令对数据库进行格式转换，因为数据库比较大，所以放后台让他跑去吧：

nohup perl convert_cache.pl --species homo_sapiens --version 93_GRCh37 --dir $VEP_DATA --force_overwrite &

 

4、软件安装，这个需要服务器可以连外网，因为要下载一些包，安装命令很简单：

perl INSTALL.pl  -h   用这个查看安装时每个参数的含义，我用到了以下几个红框框住的参数：

perl INSTALL.pl -n -s homo_sapiens --ASSEMBLY GRCh37 -d $VEP_PATH  -c  $VEP_DATA

 

 安装过程中经常会报错，所以最好找个网络好的时间安装，比方说早上八九点，网络不好报的错误大概如下，报这个错误之后，就重新开个中断，重新安装，多试几次，最后应该可以成功。

curl failed (000), trying to fetch using LWP::Simple
LWP::Simple failed (500), trying to fetch using HTTP::Tiny
ERROR: Failed last resort of using HTTP::Tiny to download https://raw.githubusercontent.com

这过程中会安装BioPerl、biodbhts、htslib 到 $vep_install 目录中，还有VEP的API，会安装到 $vep_install/Bio/EnsEMBL 中，安装过程中观察到了这几个包的大小：

 25M ensembl-variation.zip
6.9M ensembl.zip
12M release-1-6-924.zip  # 这个是 BioPerl
ensembl-io 这个比较小，没有看到

只要这几个包安装成功了，那基本就没有问题了。

 

6、插件下载和安装，git 网址： https://github.com/Ensembl/VEP_plugins 

 git clone  https://github.com/Ensembl/VEP_plugins.git  ，检出后把文件夹中的文件全部放到  $vep_database/Plugins 中，即可。

 

5、测试，这个目录中有测试数据

/share/user1/software/ensembl-vep-release-93.4/examples 

测试命令，对这个软件不太了解，所以这些参数是干嘛的也不太清楚哈：

perl /share/user1/software/ensembl-vep-release-93.4/vep -input_file /share/user1/software/ensembl-vep-release-93.4/examples/homo_sapiens_GRCh37.vcf --format vcf --output_file examples.vep.vcf --vcf --symbol --terms SO --plugin Downstream --plugin SingleLetterAA --dir /share/work3/liuw4318/software/ensembl-vep-release-93.4/vep_database --fasta /share/work3/liuw4318/software/ensembl-vep-release-93.4/vep_database/homo_sapiens_refseq/93_GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa --force_overwrite --species homo_sapiens --assembly GRCh37 --cache --no_progress --offline --hgvs --shift_hgvs 0

 

结果展示：

 

 

OK ，大功告成，给同事使用吧。