摘要：
https://www.zxzyl.com/archives/834 CrossMap CrossMap支持SAM/BAM, Wiggle/BigWig, BED, GFF/GTF, VCF格式。支持的格式较多，用起来方便。 软件网址：http://crossmap.sourceforge.net/ 阅读全文
随笔分类 - 生信学习
CentOS 安装R包 报错：internet routines cannot be loaded ，如何解决
2020-06-23 13:17 by 安达小狗, 952 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
参考： https://stackoverflow.com/questions/36803908/trouble-installing-packages-in-centos-internet-routines-cannot-be-loaded 方式一：指定镜像路径： install.packages 阅读全文
CentOS 6.8上安装指定版本的注释软件 VEP，release 93.4
2020-06-20 11:50 by 安达小狗, 1950 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
按照同事的要求，安装 v93.4 1、软件下载，gitlab中下载软件一定是到 release中找指定的版本下载，不能直接下载master中的版本，因为master中是开发版本，可能不稳定，只有master开发到一个成熟的阶段后，才会发布一个新版本，放到 releases中，如下图 VEP已经有了1 阅读全文
CentOS编译fastp 0.19.4 时报错/usr/bin/ld: cannot find -lz
2020-04-01 22:09 by 安达小狗, 548 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
该报错是由于zlib没有完整安装，需要用如下命令安装两个库才行： yum install zlib-devel zlib 然后，再进到解压目录中 make 。 阅读全文
CentOS 7 上CNVnator安装
2019-08-22 15:46 by 安达小狗, 1519 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1、到github上下载最新版本 https://github.com/abyzovlab/CNVnator/releases 2、先看INSTALL文件，要求以下依赖，我的机器上已经安装了前两个，所以直接跳过，这里我就不提了 GNU make C compiler (e.g. gcc or cla 阅读全文
下载STRING数据库检索互作关系结果为空，但是在STRING网站却能检索出互作关系，为什么呢？？？关键词用的是蛋白ID（ENSP开头）
2019-06-18 16:36 by 安达小狗, 1500 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
首先介绍下两种方法： 一、本地分析 1、在STRING数据库下载人的互作文件，如下图，第一个文件 https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=HGrreq5g8nLI&species_text=Homo+sapiens 2、在本地电脑上（linux 阅读全文
有基因ID或者基因名，如何拿到对应的KEGG通路图？
2019-06-18 11:49 by 安达小狗, 13715 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1、https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2、如下图，筛选出基因所在的通路，并标上不同的颜色。 3、结果页面如下，有些基因会找不到对应的通路，如下图红字，找到通路的会列在下方，点击可以查看对应通路。 阅读全文
QIIME2使用方法
2019-06-16 22:53 by 安达小狗, 10359 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1、数据准备 现在我们常用的就是这种格式的数据，每个样品一对数据文件 数据来源：https://docs.qiime2.org/2019.7/tutorials/importing/ 2、将数据转换为qza格式（qiime新定义的自己的格式类型，有点编程中对象的含义） 4、双端序列合并成单端 qii 阅读全文
Fst指数说明
2019-03-22 09:35 by 安达小狗, 3025 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
群体遗传学--Fst指数，即群体间分化指数，用于群体间分化分析。 群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种，最常用的就是Fst指数。Fst指数，由F统计量演变而来。F统计量（FIS，FIT，FST）主要有三种。Fst是针对一对等位基因，如果基因座上存在复等位基因，则需要用Gst衡量，基因差异分化 阅读全文