摘要: 斐波那契数列 费波那契数列 由0和1开始,之后的费波那契系数就是由之前的两数相加而得出。 首几个费波那契系数是: 0, 1, 1, 2, 3, 5, 8, 13, 21, 34, 55, 89, 144, 233…… 起源于 Leonardo Fibonacci 描述兔子生长的数目时用上了这数列,假 阅读全文
posted @ 2018-04-13 21:51 AdaWongCorner 阅读(176) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要: Rosalind is a platform for learning bioinformatics and programming through problem solving. http://rosalind.info/problems/list view/ DNA:Counting DNA 阅读全文
posted @ 2018-04-11 11:06 AdaWongCorner 阅读(292) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: , 和 的简单比较 在R中,初次了解学习data.frame时,你会发现,为构造一个列向量,你需要多次重复输入数据框的名称,如下所示: 附: TEXT with(data, expr, ...) Evaluate an R expression in an environment construct 阅读全文
posted @ 2018-03-09 15:46 AdaWongCorner 阅读(589) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: " Salmon 概述 " 该软件采用新的双阶段(dual phase)统计推断程序,以及针对每个样本存在sequence specific, fragment GC content, 和 positional biases而应用的sample specific bias models。 该软件由三 阅读全文
posted @ 2018-01-25 22:03 AdaWongCorner 阅读(5005) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Per tile sequence quality Position specific failures of flowcells 介绍 当Per tile sequence quality显示fail或者warning,表明测序的lane或某个run中出现出现了部分故障,从而影响一些特定的区域和循 阅读全文
posted @ 2017-12-15 13:19 AdaWongCorner 阅读(3452) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: stranded 和 non stranded RNA seq 的表达谱分析和基因overlap研究的比较 原文链接: "Comparison of stranded and non stranded RNA seq transcriptome profiling and investigation 阅读全文
posted @ 2017-12-13 17:03 AdaWongCorner 阅读(1445) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: "FASTQ format" 每个FASTQ文件中每个序列通常有四行信息: 1: 以 '@' 字符开头,后面紧接着的是序列标识符和可选字段的描述(类似FASTA title line). 2: 序列 3: 以 '+' 字符开头, 后面紧接着的是可选字段的描述性信息 4: 第二行序列的质量信息 Ill 阅读全文
posted @ 2017-12-13 14:55 AdaWongCorner 阅读(459) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: StringTie 参考链接:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual input 参数简介 StringTie的基本用法 : 其中, 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序,如TopHat的输出文件 可直接当做 阅读全文
posted @ 2017-12-04 15:35 AdaWongCorner 阅读(11001) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: "Dana Pe'er Lab of Computational Systems Biology" "Dana Pe'er" 是哥伦比亚大学生物科学系的副教授,被认为是计算系统生物学的主要研究人员之一。Dana Pe'er的研究重点是理解分子网络的组织,功能和进化,特别关注的是遗传变异如何改变调控网 阅读全文
posted @ 2017-11-09 20:48 AdaWongCorner 阅读(722) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 与 的比较 Python列表具有内置的 方法,可以原位修改列表。 python的内置函数 则可将一个可迭代对象(iterable)构建成一个新的排序列表。 通常较多的使用 ,但是如果用户不需要原始列表,那么则可以考虑使用 ,因为它的效率稍微高于 。 iterable主要包括3类: 第一类是所有的序列 阅读全文
posted @ 2017-11-01 15:04 AdaWongCorner 阅读(387) 评论(0) 推荐(0) 编辑