Modeling Nucleotide Sequence Evolution The characteristics of nucleotide sequences Four nucleotides A, C, G, T or U Ambiguity codes: S, W, R, Y, B, D, H, V, N, X Arranged in a series with directionality Some sequences are protein-coding, others are not Replicated and maintained by cellular machinery Read More
遗传的基本单位一基因的结构及其功能 基因作为遗传的一个基本单位已经被认识多年，基因原称遗传因子，一直以一定的符号来代表，1909年，Johannsen将遗传因子称为基因。摩尔根于1926年发表的《基因论》证实，基因是位于染色体上呈直线排列的遗传单位。1941年，Beadle和Tatum在生化反应的遗传控制研究中，通过对红色链孢霉的营养缺陷型进行分析，表明基因的功能是控制酶的合成，从而提出了“一个基因一种酶”学说。1944年Avery等对肺炎双球菌的研究证明遗传物质的化学成分是脱氧核糖核酸(DNA)。1952年。Hershey证实基因由jDNA组成，1953年，Watson和Crick提出了DN Read More
有两种方法： 1, 使用 Bio::DB::GenBank （使用Web Interface获取序列数据，当需要获取大量数据的时候不建议使用，否则 ip 有可能被 ban） 2, 下载整个 NCBI 数据库到本地，使用 Bio::DB::Flat 对它建立 index。由于这样以后每次的操作都可以在本地进行，所以对大规模的操作来说，这是比较好的方法。简单的获取序列数据的示例：use Bio::Perl; my $seq = get_sequence('genbank',$acc); #$acc 是 该序列的 accesion number print “I got a sequ Read More
我有大量的Fasta格式的多序列，假如要做以下处理：问题1 去掉特定长度的短序列若要去除其中小于五十碱基的序列，请问如何操作；问题2 取motif上下游一定长度的序列（含motif）假如我要取每个序列中motif为“AAAA”及其上下游10个碱基的序列片段，并输出位置信息，请问如何编程处理第一个问题，除去 < 50 bp 的序列，可以直接用 bioperluse Bio::SeqIO;my $o_seqi = Bio::SeqIO->new(-file => $infile,-format => 'fasta',);my $o_seqo = Bio::S Read More
一、正则表达式特殊变量：1、$n :包含上次模式匹配的第n个子串2、$& :前一次成功模式匹配的字符串3、$` :前次匹配成功的子串之前的内容4、$’ :前次匹配成功的子串之后的内容5、$+ :前一次使用括号的模式匹配的字符串.二、文件句柄特殊变量:1、$| :如果设置为零,在每次调用函数write或print后，自动调用函数fflush,将所写内容写回文件2、$% :当前输出页号3、$= :当前每页长度4、$- :当前页剩余的行数5、$~ :当前报表输出格式的名称.默认值是文件句柄名.6、$^ :当前报表输出表头格式的名称.默认值是带后缀”_TOP”的文件句柄名.三、全局特殊变量:1 Read More
在Linux或者Unix上操作（生成）Excel，CPAN上提供了Spreadsheet::WriteExcel 和 Spreadsheet::ParseExcel这两个模块。下面我们就来看看 Spreadsheet::WriteExcel 和 Spreadsheet::ParseExcel的使用方法： 首先，我们要在服务器上安装相应的模块安装 Excel 模块的 PPM 命令 ppm> install OLE::Storage_Lite ppm> install Spreadsheet::ParseExcelppm> install Spreadsheet::WriteEx Read More
正则表达式中的一些常用模式/pattern/ 结果 . 匹配除换行符以外的所有字符x? 匹配 0 次或一次 x 字符串x* 匹配 0 次或多次 x 字符串，但匹配可能的最少次数x+ 匹配 1 次或多次 x 字符串，但匹配可能的最少次数.* 匹配 0 次或一次的任何字符.+ 匹配 1 次或多次的任何字符{m} 匹配刚好是 m 个 的指定字符串{m,n} 匹配在 m个 以上 n个 以下 的指定字符串{m,} 匹配 m个 以上 的指定字符串[] 匹配符合 [] 内的字符[^] 匹配不符合 [] 内的字符[0-9] 匹配所有数字字符[a-z] 匹配所有小写字母字符[^0-9] 匹配所有非数字字符[^a Read More
perl 处理两个和两个以上list 模块 List-Compare在Perl处理list中，很方便的module, List-Compare 有三种case: Regular Case, Accelerated Case, Multiple Case Regular Case: example： my @Llist = qw(abel abel baker camera delta edward fargo gofler); my @Rlist = qw(baker camera delta delta fargo hilton); my $lc = List::Compare->ne Read More
文件检测操作如果程序会建立新的文件,在程序创建新文件之前,我们应先确定是否存在同名的文件,以免重要数据被覆盖掉。对于这种问题,我们可以使用– 选项,检测是否存在相同名字的文件:die "Oops! A file called '$filename' already exists.\n" if -e $filename;如果文件在过去28 天内都未被修改,输出警告：warn "Config file is looking pretty old!\n" if -M CONFIG > 28;下例首先检查文件列表，找到那些大于 100KB Read More
在perl中反勾号（``），system和exec都用来执行命令，这篇文章将给我们介绍它们各自的使用方法，联系，以及区别。一、使用方法1. 反勾号（``）首先，我们有命令输入操作符，也叫反勾号操作符，因为它看起来象这样： $info = `finger $user`;一个用反勾号（技术上叫重音号）引起的字串首先进行变量替换，就象一个双引号引起的字串一样。得到的结果然后被系统当作一个命令行，而且那个命令的输出成为伪文本的值。（这是一个类似 Unix shell 的模块。）在标量环境里，返回一个包含所有输出的字串。在列表环境里，返回一列值，每行输出一个值。（你可以通过设置 $/ 来使用不同的行结束 Read More