1. 用grep函数。函数名 grep 调用语法 @foundlist = grep (pattern, @searchlist); 解说 与同名的UNIX查找工具类似，grep函数在列表中抽取与指定模式匹配的元素，参数pattern为欲查找的模式，返回值是匹配元素的列表。 例子 @list = ("This", "is", "a", "test");@foundlist = grep(/^[tT]/, @list); 结果 @foundlist = ("This", "test&qu Read More
#!/usr/bin/perl ## 用grep map 获取两个列表的交集并集、补集#use strict;my @a=("a","b","c","d","e");my @b=("b","g","f","e");print "列表a数据： @a \n";print "列表b数据: @b \n";my %a = map{$_ => 1} @a;my %b = map{$_ Read More
在POSIX shell中，命令的结果可以通过%>的形式来定义（其中%表示文件描述符：1为标准输出stdout、2为标准错误stderr）！系统默认% 值是1，也就是1>，而1>可以简写为>，也就是默认为>。而stdout的默认目标是终端（这点不用验证吧）。另外， stderr的默认目标我个人认为也是终端，比如：#abcddcbash: abcddcba: not found.错误信息显示在终端上（对于telnet、dtterm等，那就说虚拟终端了）。==============实验环境==============#mkdir redtest#cd redtest Read More
bless用法详细简单的讲：bless有两个参数：对象的引用、类的名称。类的名称是一个字符串，代表了类的类型信息，这是理解bless的关键。所谓bless就是把 类型信息 赋予 实例变量。程序包括5个文件：person.pm ：实现了person类 dog.pm ：实现了dog类 bless.pl ： 正确的使用blessbless.wrong.pl ： 错误的使用blessbless.cc ： 使用C++语言实现了与bless.pl相同功能的代码person.pm#!/usr/bin/perl -wpackage person;use strict;sub sleep() { my ($se Read More
构建进化树构建进化树的主要步骤是比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估。鉴于以上对于构建系统树的评价，结合本实验室实际情况，以下主要介绍N-J Tree构建的相关软件和操作步骤。1、用Clustal X构建N-J系统树的过程(1) 打开Clustal X程序，载入源文件.File-Load sequences- C: empjc.txt.(2) 序列比对Alignment - Output format options - √ Clustal format； CLUSTALW sequence numbers: ONAlignment - Do complete alignment(Ou Read More
PAML 4: Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood【摘要】 PAML, currently in version 4, is a package of programs for phylogenetic analyses of DNA and protein sequences using maximum likelihood (ML). The programs may be used to compare and test phylogenetic trees, but their main strengths lie in the ri Read More
PAML软件的一些简单的具体的使用操作1. 首先用Clustal X进行序列比对：要保证：保证核苷酸序列是三的倍数，没有终止密码子，核苷酸序列的第一位是密码子的第一位。假设序列名为cox1.fas2. 使用DAMBE软件进行转换成PML格式。 打开要换换的文件，然后“file” “save and convert sequence format”，在保存类型中选择“Yang’s PAML”。那么此时的序列名为“cox1.PML”， 这样就可以得到文件“*.PML”，然后就直接把后缀改成“*.nuc”。那么此时的序列名为“cox1.nuc” 这样就完成了文件格式的转换。3. 打开PAML软件的文 Read More
gff格式是Sanger研究所定义，是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式，比如序列的那里到那里是基因，已经成为序列注释的通用格式，比如基因组的基因预测，许多软件都支持输入或者输出gff格式。目前格式定义的最新版本是版本3。原始定义见SONG websitegff是存文本文件，由tab键隔开的9列组成，以下是各列的说明：Column 1: “seqid”序列的编号，编号的有效字符[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]Column 2: “source”注释信息的来源，比如”Genescan”、”Genbank” 等，可以为空，为空用”.”点号代 Read More
RECON: a package for automated de novo identification of repeat families from genomic sequences DescriptionProper identification of repetitive sequences is an essential step in genome analysis. The RECON package performs de novo identification and classification of repeat sequence families from geno Read More
结果12列Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit scoreBlast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。Blast的运行方式是先用目标 Read More