#=====================================================##--------------------------------------# 如果有源代码的全局定义, 请在此处定义.#--------------------------------------if [ -f /etc/bashrc ]; then . /etc/bashrc # --> 读取/etc/bashrc, 如果存在的话. fi#-------------------------------------------------------------# $DIS Read More
Ka/Ks与分子进化常用软件Ka/Ks 在遗传学中，Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换（Ka）和同意替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则称为非同义突变。一般认为，同义突变不受自然选择，而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分析中，了解同义突变和非同义突变发生的速率是很有意义的。常用的参数有以下几种：同义突变频率(Ks)、非同义突变频率(Ka)、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)。如果Ka/Ks>1，则认为有正选择效应。如果Ka/Ks=1，则认为存在中性选择。如果Ka/Ks&l Read More
PAML：用最大似然法分析系统发育目录1.简介 PAML能做什么 PAML不能做什么 如何运行PAML中的程序2.数据文件格式 序列文件格式 树文件格式3.Baseml 核酸替代模型 控制文件4.Basemlg5.Codeml 密码子替代模型 氨基酸替代模型 控制文件 密码子序列（seqtype =1） 氨基酸序列（seqtype = 2）6.Evolver7.Yn008.Mcmctree 简 介 化石校准 控制文件MCMCtree 和 Multidivtime 的差异 近似似然计算9.其他注释 分析大数据集和迭代算法 树形检索算法 生成引导数据集 迭代过程中的磨损记录 指定初始值 微调迭代算 Read More