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环境配置笔记-作业调度系统的安装（CentOS7系统）

摘要：如上一篇CentOS系统安装一样，然而上一篇是失败的，鄙人任性将其失败原因归咎于tarque和CentOS8的不兼容。 1. 更新yum源： wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos 阅读全文

posted @ 2021-02-23 17:05 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(2091) 评论(0) 推荐(0) 编辑

环境配置笔记-作业调度系统的安装

摘要：系统对象：CentOS8.0，裸机。 # 下载阿里云镜像源配置文件 wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-8.repo # 修改版本号（阿里云为8，服务器为8.0） sed -i 阅读全文

posted @ 2021-02-23 16:15 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(534) 评论(0) 推荐(0) 编辑

BUG-yum源缺失

摘要：报错被顶掉了，暂时不写了，就是yum安装不了东西。现在是centOS7的裸机，之前是centOS8，重装了。进入/etc/yum.repos.d目录，可以看到bak目录和my.repo 我不想自己配，从bak目录拷贝出了CentOS-Base.repo目录（之前用过，文件是对的，稍后再述）。 y 阅读全文

posted @ 2021-02-23 16:08 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(127) 评论(0) 推荐(0) 编辑

BUG：meme-suite XML修复

摘要： xml模块报错修复 yum install expat-devel $ wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/T/TO/TODDR/XML-Parser-2.44.tar.gz 198 yum install libexpat1-dev expat- 阅读全文

posted @ 2021-02-20 09:40 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(85) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生信软件下载链接

摘要： http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip 阅读全文

posted @ 2021-02-10 21:37 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(230) 评论(0) 推荐(0) 编辑

多序列比对-muscle & trimal

摘要： 2021年了，从零开始几个字可以去掉了，做了很多次服务器搭建，其实能够叫零的之前已经是讲完了。其实应该做一个总结，但是没有时间，后面再说吧。本文也没有什么内容，因为很简单：首先， conda install orthofinder # 安装muscle iqtree 然后： git clone 阅读全文

posted @ 2021-01-28 19:09 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(3105) 评论(0) 推荐(0) 编辑

从零开始学生信-meme的使用

摘要：上一章讲了meme的安装，本章进行使用的讲解，需要快捷食用本章节的请关注公众号：生物信息分析学习 meme的使用，网上有很多例子。 1. 网页版：快捷方便，一台电脑同时可以申请运行四个任务。先进入网站：http://meme-suite.org/tools/streme 想用什么套件选什么，一目了阅读全文

posted @ 2021-01-08 15:53 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(5104) 评论(0) 推荐(0) 编辑

从零开始学生信-meme的安装和使用

摘要：软件：meme-suit 用途：鉴定motif 目的：其实我这里主要是为了使用streme模块（因为sequence number超过50）。办法： 1. 如果只安装meme，可以直接用conda install -c bioconda meme。 2. 如果需要所有的套件，需要手动安装：准备好阅读全文

posted @ 2021-01-08 15:35 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(4521) 评论(0) 推荐(0) 编辑

从零开始学生信-orthofinder的安装和使用-基因家族分析

摘要：【环境变量】注释掉conda3，source ~/.bashrc 因为orthofinder是由python2编写的。 conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作。 # 由于是刚开始搭建，这里没有给orthofinder单独一个环境空间，这一套下阅读全文

posted @ 2020-12-11 20:38 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(4348) 评论(0) 推荐(0) 编辑

从零开始学生信-基本环境配置

摘要：【登录集群】上一篇已经讲述了怎么自己搭建一个新的集群。【配置集群环境】现在所处的是一个什么也没有的集群环境。 apt install git # 下载git cd #进入home目录 git clone https://github.com/Yuan-SW-F/home.git # 下载配置文件阅读全文

posted @ 2020-12-11 11:51 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(356) 评论(0) 推荐(0) 编辑