Yuan-SW-F(abysw) - 博客园

BUG修复：conda安装的R报错修复

摘要：报错： $ R pipeline/app/miniconda3/lib/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libicuuc.so.56: cannot open shared object file: No such file o 阅读全文

posted @ 2021-04-14 17:02 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(771) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux下各种文件的解压和压缩命令

摘要：经常忘了一些解压命令，各处收集一些，备注一下： 1. file.tar.gz tar zcvf file.tar.gz file tzr zxvf file.tar.gz 2. file.rar rar a -r file.rar file rar x file.rar unrar -e file. 阅读全文

posted @ 2021-04-11 10:50 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(100) 评论(0) 推荐(0) 编辑

test

摘要： Plant stem-cell organization and differentiation at single-cell resolution - PubMed 2020 Dec 29;117(52):33689-33699. Plants maintain populations of pl 阅读全文

posted @ 2021-04-03 19:48 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(146) 评论(0) 推荐(0) 编辑

从零开始的生物信息分析

摘要：之前有公众号朋友问生物信息分析怎么从零开始，后来也没有怎么细说，不知道这位朋友是不是已经弃坑。先关注公众号吧，我会在里面及时回答问题的。闲话不多说，开始吧。首先，你的基础是什么，不要说你不知道DNA是什么，RNA是什么，那对不起，请复习完高中生物知识后再来吧所以，这里要说明的零基础，是你的中阅读全文

posted @ 2021-03-25 11:27 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(394) 评论(0) 推荐(0) 编辑

重测序-gatk4-I am unable to use VQSR (recalibration) to filter variants

摘要： https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360037499012-I-am-unable-to-use-VQSR-recalibration-to-filter-variants 阅读全文

posted @ 2021-03-15 18:16 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(80) 评论(0) 推荐(0) 编辑

比较基因组学-比对和建树

摘要： makeblastdb -in ref.fa -dbtype prot blastp -query -db -outfmt 6 -evalue 1e-10 -num_threads 16 -out muscle -in mafft --maxiterate 1000 --thread 200 --l 阅读全文

posted @ 2021-03-14 13:38 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(392) 评论(0) 推荐(0) 编辑

重测序-PCA

摘要： 1. conda安装软件。 2. 运算脚本。 plink --vcf file.vcf --make-bed --out snp --chr-set no-xy gcta64 --bfile snp --make-grm --autosome --out tmp gcta64 --grm tmp - 阅读全文

posted @ 2021-03-05 15:59 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(228) 评论(0) 推荐(0) 编辑

作业调度系统配置总结-未验证版

摘要：验证版等今后验证了在公众号上展示。本章总结前四章的问题，以便今后验证。 let‘s begin 注意事项：torque不支持centOS8系统 1. 安装CentOS7系统 # 刻盘，安装 2. 更新yum源 wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo ht 阅读全文

posted @ 2021-02-26 14:02 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(131) 评论(0) 推荐(0) 编辑

BUG-子节点down状态

摘要：这个bug，还是因为防火墙的问题，需要添加一行，然后重启，再次关闭防火墙。配置成功了，后期还会配置一次，届时会将完整的流程写在公众号中。 $ cat /etc/selinux/config # This file controls the state of SELinux on the syst 阅读全文

posted @ 2021-02-26 13:04 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(212) 评论(0) 推荐(0) 编辑

环境配置笔记-作业调度系统的安装（CentOS7系统）- 配置队列

摘要：上一章稀里糊涂就安装完了作业系统，这章准备配置队列，完整无坑版的后续会出现在公众号中，欢迎关注：以上一章的报错作为开始： $ qsub -W queue=normal zsleep.shqsub: submit error (Queue is not enabled MSG=queue is di 阅读全文

posted @ 2021-02-25 19:13 Yuan-SW-F(abysw) 阅读(224) 评论(0) 推荐(0) 编辑