【软件安装】treepl的安装

我这里用的是brew安装的（为什么没用另一种办法，因为没走通）。

 

首先，下载原始文件，https://github.com/Homebrew/brew.git

由于网络问题，我下载的是zip文件，下载后解压。

unzip brew-master.zip

 

 解压完成后，配置环境（注意：brew要求使用用户账号装软件）。

配置环境：

export LINUXBREWHOME=/abyss/git/treePL/Dependencies/brew-master

export PATH=$LINUXBREWHOME/bin:$PATH

export MANPATH=$LINUXBREWHOME/man:$MANPATH

export PKG_CONFIG_PATH=$LINUXBREWHOME/lib64/pkgconfig:$LINUXBREWHOME/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

export LD_LIBRARY_PATH=$LINUXBREWHOME/lib64:$LINUXBREWHOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig:/usr/local/lib64/pkgconfig:/usr/lib64/pkgconfig:/usr/lib/pkgconfig:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig:/usr/lib64/pkgconfig:/usr/share/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

上述环境参考了前人的blog。

然后安装：

brew install brewsci/bio/treepl

 

brew/bin/brew update
Error: Please update your system curl.
Minimum required version: 7.41.0
Your curl version: 7.29.0
Your curl executable: /usr/bin/curl
Error: Please update your system Git.
Minimum required version: 2.7.0
Your Git version: 1.8.3.1
Your Git executable: /usr/bin/git
Error: 'curl' must be installed and in your PATH!

 

当然不会顺利：

切换为root账户。

更新curl：

curl http://curl.haxx.se/ca/cacert.pem -o /etc/pki/tls/certs/ca-bundle.crt

yum update curl --enablerepo=CityFanforCurl -y

vi /etc/yum.repos.d/city-fan-for-curl.repo #并写入下列内容

[CityFanforCurl]
name=City Fan Repo
baseurl=http://www.city-fan.org/ftp/contrib/yum-repo/rhel7/x86_64/
enabled=0
gpgcheck=0

yum update curl --enablerepo=CityFanforCurl -y

更新git：git clone https://github.com/git/git.git

还是用的下载的zip文件：

unzip git-master.zip

cd git-master

make prefix=/usr/local/git all

rpm -e --nodeps git

make prefix=/usr/local/git install

ln -s /usr/local/git/bin/git /usr/bin/git

好了，切换为普通用户：

brew install brewsci/bio/treepl

出现了新的报错：

ld: cannot find crti.o: No such file or directory
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [libgcc_s.so] Error 1
make[3]: Leaving directory `/tmp/gccA5-20210913-48366-1fzd36k/gcc-5.5.0/build/x86_64-unknown-linux-gnu/libgcc'
make[2]: *** [all-stage1-target-libgcc] Error 2
make[2]: Leaving directory `/tmp/gccA5-20210913-48366-1fzd36k/gcc-5.5.0/build'
make[1]: *** [stage1-bubble] Error 2
make[1]: Leaving directory `/tmp/gccA5-20210913-48366-1fzd36k/gcc-5.5.0/build'
make: *** [bootstrap] Error 2

READ THIS: https://docs.brew.sh/Troubleshooting

 报错找不到这个文件，找一下，重新加入静态库。

find /usr/ -name crti*

　　/usr/lib64/crti.o

export LIBRARY_PATH=/usr/lib64:$LIBRARY_PATH 

brew install brewsci/bio/treepl

当然还是不行的，报错和上面的一样。

 https://github.com/Homebrew/linuxbrew-core/issues/23460

 

 说实话，没看懂这个帖子，反正就是gcc的安装有问题。

brew install gcc # 没啥用

　　sudo apt-get install libc6-dev #都说用这个命令，可是我的系统是centos（yum install glibc-devel，显示已经安装过了）

chmod 755 /usr/lib64/crti.o

 再来，。。。

继续在错误的边缘作死，网上说安装32位的可以解决，试试：

yum install glibc-devel.i686 libgcc.i686 libstdc++-devel.i686 ncurses-devel.i686

再来，。。。

ld: i386 architecture of input file `/lib/crti.o' is incompatible with i386:x86-64 output
ld: i386 architecture of input file `/lib/crtn.o' is incompatible with i386:x86-64 output
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [libgcc_s.so] Error 1
make[3]: Leaving directory `/tmp/gccA5-20210913-174084-1ta7b9t/gcc-5.5.0/build/x86_64-unknown-linux-gnu/libgcc'
make[2]: *** [all-stage1-target-libgcc] Error 2
make[2]: Leaving directory `/tmp/gccA5-20210913-174084-1ta7b9t/gcc-5.5.0/build'
make[1]: *** [stage1-bubble] Error 2
make[1]: Leaving directory `/tmp/gccA5-20210913-174084-1ta7b9t/gcc-5.5.0/build'
make: *** [bootstrap] Error 2

READ THIS: https://docs.brew.sh/Troubleshooting

删掉重来，。。。

ln -s /usr/lib64/crti.o /usr/lib/crti.o

ln -s /usr/lib64/crtn.o /usr/lib/crtn.o

checking for C compiler default output file name...
configure: error: in `/tmp/gccA5-20210913-40796-eiywp6/gcc-5.5.0/build/x86_64-unknown-linux-gnu/libgomp':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make[2]: *** [configure-stage1-target-libgomp] Error 77
make[2]: Leaving directory `/tmp/gccA5-20210913-40796-eiywp6/gcc-5.5.0/build'
make[1]: *** [stage1-bubble] Error 2
make[1]: Leaving directory `/tmp/gccA5-20210913-40796-eiywp6/gcc-5.5.0/build'
make: *** [bootstrap] Error 2

READ THIS: https://docs.brew.sh/Troubleshooting

再重来

export LIBS=

export CFLAGS=

 不行的。。

理论上就是用yum install glibc-devel安装相应库，然而我的提示之前就安装过了，所以并不知道什么情况，我还是重装一次吧。

最后还是放弃了，后来师兄师姐安装上了。

如下图：https://anaconda.org/genomedk/treepl

 

 除了一句万物皆可conda，只能对自己的智商感到捉急了。

==================================================================

最近公众号没有更新，等有文章了的吧，不过广告还是要打一下：

 

 网站服务器没有续费，等攒一点素材了再去续吧。

 

以上，

abysw

转载请勿删减内容。