从零开始的生物信息分析

之前有公众号朋友问生物信息分析怎么从零开始，后来也没有怎么细说，不知道这位朋友是不是已经弃坑。

先关注公众号吧，我会在里面及时回答问题的。

 

 

 闲话不多说，开始吧。

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====首先，你的基础是什么，不要说你不知道DNA是什么，RNA是什么，那对不起，请复习完高中生物知识后再来吧====

====所以，这里要说明的零基础，是你的中学生物学的知识至少在80分以上，否则还是不要来了==========

====当然，想入坑的人都该是基础知识牢固的人，即便是不牢固，也可以看看，看不下去再弃也不迟=======

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好了，开始正文。

1. 基本知识了解。

　　1）生物是序列的

　　2）万物皆可树

　　3）没有了

2. windows下的生物信息分析。

　　1）使用过一些软件：Mega，DNAstar，等（好多年不用了，也不知道现在都有些什么软件）

　　2）深刻理解生物是序列的和万物皆可树着两句话

3. Linux下的生物信息分析。

3.1 记住两个知识

　　1）万物皆文本

　　2）万物皆可conda

3.2 软件的学习没办法直接教，所以直接说如何入门的事情。

4. Linux生物信息分析入门。

　　1）虚拟机的搭建

　　2）环境的配置

　　3）软件安装和使用

这里整理所有的源代码：

apt install git # 下载git

cd #进入home目录

git clone https://github.com/Yuan-SW-F/home.git # 下载配置文件

apt install vim # 安装vim （没想到vim系统都不自带）

cd home; cp .bash_profile .bashrc .dir_colors .vimrc ..; cd .. # 将配置文件拷贝至home目录

source .bashrc # 激活环境

# 这里需要修改Ypip变量，不懂的话，用默认的就行

wget https://github.com/Yuan-SW-F/ComBin/raw/main/locbin.tar.gz

 tar zxvf locbin.tar.gz

 mv locbin cbin

mkdir $Ypip; cd $Ypip

git clone https://github.com/Yuan-SW-F/Ybin.git

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh 

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

sh Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh # 无所谓的话可以不改路径

 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ # 必须配置

 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/

 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/

 conda config --set show_channel_urls yes

conda install orthofinder

conda install cufflinks

=======未完待续========

 

5. 当然，要根据具体的问题，去想着如何解决

其实Windows和Linux最大的区别就是：我们一直用的Windows，所以比较容易接受，而且比较符合人类的习惯。

而Linux奉行的是万物皆文本，文本便是最简单的，所以只要能将任何东西转化成文本，那么就可以随便处理。

所谓的万物皆可树，文件格式是树，事物相似度是树，相关性还是树。

万物皆可conda，当你什么软件太难安装的时候，可以试试conda install，如果不行的话，可以过几天再试。

因为所有的软件，要么有conda版本，要么就是在conda的路上。

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上面的是大纲，具体的最后在公众号完善

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