从零开始学生信-orthofinder的安装和使用-基因家族分析

【环境变量】注释掉conda3，source ~/.bashrc

因为orthofinder是由python2编写的。

conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作。

# 由于是刚开始搭建，这里没有给orthofinder单独一个环境空间，这一套下来，基本的基因分析软件都安装好了。

 

包括两两比对软件：blast，diamond。# diamond快，且宣称其方法和比对结果并不比blast逊色

包括多重比对软件：mafft，muscle。 # muscle最快，mafft最准，这两个软件在多序列比对中宣称排前二

包括建树软件：fasttree，raxml，iqtree。 # fasttree最快，raxml和iqtree较准

包括聚类软件：mcl。# orthofinder套用的聚类软件

包括其他重要的包和依赖。 # 一般生信分析都会涉及的依赖，很多都在这里了，比几年前友好多了。

如果一遍安不完所有的环境，没关系，再来一次。

如果提示更新conda版本，请按提示操作。 

以上，

abyss