生信分析-windows-blast序列比对

这是一个尝试性的文章，能不能解决我要解决的问题，并不清楚。

===本文利用NCBI的blast界面，实现将短序列比对上reference基因组，并实现变异位点可视化。===补言===

比对常用的是NCBI网站，打开NCBI。（百度 谷歌直接搜索NCBI， 现在中国也在搭建和完善国家生物信息中心，一个是位于深圳的国家基因库，由BGI代运营，一个是北京的国家生物信息中心，由BIG开发和运营）。

 

 

核苷酸序列比对选默认的blast就好，其他的比对模块可以自行查看，有必要的情况下公众号再讲。

搜索自己想要比对的物种（reference）。

 

serch （点击搜索）

好了，database已经为我们选定的物种基因组（可自行选择版本），如果没有基因组的话，可能需要自己上传或者是其他的办法（本处未做尝试）。

 

 输入需要查找的序列，或者文件。

格式为fasta格式，如下（关于序列的格式文件说明，可以参见鄙人公众号）：

>ID1

ATCG

>ID2

ATCG

...

 

 相似度一般用默认的，个人习惯在新的页面打开，然后点blast。

 

 我给的是双子叶植物的一段序列，不负众望，没有搜到任何信息。

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下面我想找一段同物种的基因：

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 管它三七二十几（这里省略了约三个步骤），终究找了一段序列，贴进去看看效果：

 

然后结果：

 

 

 没错，就是这段，点开果然是100%的相似度。

 

 

 现在我突变3个位点，再比对一次。

 

 

 

 可以看到相似度变低了：右侧pre.ident 为99.75%（前一分钟是100%）。

 

 三个位点发生了差异。

 

 可以看到被人为突变的位置是无法对齐的，但是没有颜色标记不是很好看。

 继续，打开右边的可视化页面：

 

 可视化信息如下：

 

 

点击红色的query（没错，这就是刚刚输入的sequence，现在被重命名为Query_8543），可以看到我们之前人为做的三个突变位点，如下(红线所示)：

 

 

 放大mismatch的位点，可以看到详细的碱基信息：

 

 

 以上，

abysw