共线性分析-MCscan - python （jcvi）

本来是不会再写这个文档的，但是由于长时间没有用这个模块，这个模块不知道是我自己弄掉了，还是别的同学误删了，于是我重新安装一下。

 

首先下载conda，并下载好python

which pip

 

 直接安装

 

 注意：

1. 请下载conda3版本，本模块由python3支持；

2. home目录和电脑C盘一样，如果home空间有限，请安装在其他目录下；

3. 将python执行路劲写进bashrc（类似Windows的注册表）

等着就行了：

其他模块自己安装就行了（Knet tools， Bedtools， EMBOSS），我这里只作图，不需要重新检查之前的是否能用。

一切准备就绪之后，这里是后续的多序列比对分析。

后期详见github和微信公众号，微信公众号会提供脚本和分析思路，从中可以学到编程的知识。

下载速度有点慢，去重新申请github号，之前的名字不好看，密码忘了，先重置密码。

重置了密码还说不对，看看密码是不是输错了，按F12

 

 这里改成text就能看到自己密码了，确认没错。

 

好了，17分钟之后，安装完成；

然后继续安装拓展版本：

pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

 

 

 

安装完后，可以去我的GitHub找脚本了。

脚本都未发表，使用请标明出处，谢谢！

https://github.com/Yuan-SW-F/Syntenic

 

以上，

文渊