摘要：
在使用Gromacs进行分子动力学模拟的时候，首先一步是将从氨基酸数据库下载得到的PDB文件处理为Gromacs所使用gro文件，使用pdb2gmx可以做到这一点。pdb2gmx命令的使用时有很多参数，需要细心设定。比如：1、若希望多肽两端闭合为NH2和COOH，需要在命令后面加上-ter参数，命令执行后会出现选择项，此时可以手动选择多肽两端闭合选项；#The protonation state of N- and C-termini can be chosen interactively withthe -ter flag. Default termini are ionized (NH3. 阅读全文
