使用CB-Dock2网址进行分子对接分析时出现中药单体文件太大无法上传的解决方案

CB-Dock2 是一种改进的蛋白质-配体盲对接工具，继承了 CB-Dock 服务器中基于曲率的空腔检测程序和基于 AutoDock Vina 的分子对接程序。 

cadd.labshare.cn

它通过以下步骤实现全自动的蛋白-配体盲对接计算：

 

1. 输入蛋白和配体结构数据并进行质量检查：用户上传蛋白质和配体的结构文件，系统会对其进行质量检查。

2. 结构数据预处理：修补缺失的原子和氢原子，去除水分子及其他杂原子。

3. 蛋白口袋探测和分子对接：进行蛋白口袋探测，估计空间参数，基于 Vina 打分进行分子对接，并结合模板匹配与构象转移的方法。

4. 结果处理与可视化：综合处理计算结果，并提供可视化展示。

但当输入较大中药单体的文件时会出现报错，那我们该如何处理呢？我们可以利用R语言将中药单体的sdf文件删除名为PropertyName的字段，再进行保存，如果文件还是比较大那就可以检查并删除重复的分子，再保存并进行分子对接的分析。

rm(list = ls());options(stringsAsFactors=FALSE)

wd = "/Users/billzhang/Desktop/"
setwd(wd)
library(rcdk)
sdf_file <- "Structure2D_COMPOUND_CID_71307558.sdf"
molecules <- load.molecules(sdf_file)
for (mol in molecules) {
mol$removeProperty("PropertyName") # 删除名为PropertyName的字段
}

# 保存修改后的SDF文件
write.molecules(molecules, "modified.sdf")

# 检查并删除重复的分子
unique_mol_list <- unique(molecules)

# 保存去重后的SDF文件
write.molecules(unique_mol_list, "unique_molecules.sdf")