利用Cytoscape对STITCH基因相互作用结果按Degree进行可视化--生信之中药研究

1. 将本研究所用到的目的基因输入至STITCH网站(http://stitch.embl.de)进行基因间的相互作用预测。

 

2. 点击SEARCH和CONTINUE进行基因的相互作用预测，结果如下图。

 

3. 在文章发表时我们一般会进行其他可视化，按照基因与基因之间的连接程度大小进行nodes的颜色和大小进行可视化，因此，接下来我们需要保存STITCH结果的相互作用的TSV文件。

 

 

 4. 将TSV文件导入提前在电脑中安装好的Cytoscape软件，同时对导入后的文件进行Degree分析。

（1）TSV文件导入

 

（2）Degree分析

 

5. 进入Style界面，对形状和颜色按照Degree进行展示，其他的个性化设置按这种方式进行调整。

 

 

 

分享不足的地方大家可以一起探讨，相互学习。 --生信之中药研究