摘要： 1、必做：在终端中运行下面命令，安装编译 R 包常用的依赖： sudo apt updatesudo apt install -y \ libcurl4-openssl-dev \ libssl-dev \ libxml2-dev \ libnlopt-dev \ libgsl-dev \ buil 阅读全文

摘要： 非常棒的教程~https://indexofire.github.io/pathongs/book/main/ PulseNet（病原菌分子分型监测网络）是美国CDC于1998年5月由副总统在白宫宣布成立的，这个网络是利用标准化的细菌实验室分子分型技术、通过分布各地的网络实验室的实际检测和监测，建立 阅读全文

摘要： 打开终端并进入需要运行 JupyterLab 的目录。 输入 nohup jupyter lab & 命令并按下回车键，这将在后台运行 JupyterLab，并将输出信息写入到 nohup.out 文件中。 在使用 nohup 命令启动 JupyterLab 后，用户需要自己管理 JupyterLa 阅读全文

摘要： 1.先把网址甩上来~jupyterlab超大手册https://jupyterlab.readthedocs.io/en/stable/getting_started/installation.html 2.jupter是iPython内核的，想用r，得加个r内核： 先在ubuntu里装个R，怎么装 阅读全文

摘要： 先来一点超级教程吧：https://www.liaoxuefeng.com/wiki/896043488029600 让chatgpt来怒答一下~ 1. 云服务器连接到github 在新服务器上安装Git （腾讯云安装了）： sudo apt-get update sudo apt-get inst 阅读全文

摘要： 1. 某宝腾讯云服务器公测版一年425大洋，4核8g+180g的ubuntu 22.04版本，足够用了。 2.不用换下载源，灰常方便。 3.腾讯云官网设置了ssh登录，私钥保存到本地(.pem)。在mobaxterm上登陆ssh，advance导入私钥即可，不用记密码，方便。 4.更新先： sudo 阅读全文

摘要： 这一篇范例呢，比较简单，直接来看circos plot这条记录。 一.Karyotype 选择的是2号文件，一共24条染色体： 2D Data Tracks，Link Tracks，Ideogram，ticks都没有设置，在General板块，将图片的背景色设置为黑色。 二.重点就是Hightlig 阅读全文

摘要： 这里我们要用galaxy plot画多个图； 可以看到有103条记录，其中多条记录都没有显示，可以点击右上角的设置图标，选择”取消隐藏的数据集“，就可以看到其他记录了。 从第1条记录Karyotype.txt中我们可以看到我们一共要画24条染色体，这次我们不将它们统一并列放在最外圈，而是一个染色体做 阅读全文

摘要： 今天来记录galaxy circos给出的第二个例子：Cancer Genomics & Chromothripsis。跟之前一样，先搜索，导入历史。 可以看到，这个范例中一共有20条记录，找到第20条记录Circos Plot，点击重新运行当前任务。 一.Karyotype 看一下5号文件Kary 阅读全文

摘要： 今天呢，主要记录的是如何用galaxy生物信息分析平台上的circos工具做可视化。参考文献如下： [1] https://academic.oup.com/gigascience/article/9/6/giaa065/5856406 首先我们要进入galaxy的线上平台 https://useg 阅读全文