摘要：
# manta# 想要获得somatic的SV变异，所以使用了manta软件 # 安装：# 千万不要去github下载源代码安装！！！本人安装了两整天没装好，简直怀疑人生，果断弃坑！！# 划重点：使用conda安装！！！ conda create -n manta conda activate ma 阅读全文
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# 下载了一个.tar.bz2结尾的压缩文件，# 使用tar -xjf解压，但是报错。 # 报错信息：# bzip2: Compressed file ends unexpectedly; # perhaps it is corrupted? *Possible* reason follows.# 阅读全文
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今天写了一个shell脚本，放在Linux运行 bash test.sh 诡异的事情发生了 脚本没有报错，但也没运行，直接自动终止，跳出新的命令行，提示我输入新的命令 。。。 怀疑是在notepad++上面编辑代码导致换行符不对（Windows和Linux换行符不一样） cat -A test.sh 阅读全文
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从Github下载了seeksv，发现文件夹存在绿色的可执行文件那就不啰嗦了，直接敲命令：seeksv，结果毫无反应 报错：“bash: seeksv: 未找到命令...” 原理：seeksv无法被bash识别的格式怀疑是32位操作系统上用的，而不是64位 而且网上seeksv的教程也相当少果断弃用 阅读全文
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# 管道命令 # 当在两个命令之间设置管道时，管道符|左边命令的输出就变成了右边命令的输入。 # 只要第一个命令向标准输出写入，而第二个命令是从标准输入读取，那么这两个命令就可以形成一个管道。 # 大部分的 Linux 命令都可以用来形成管道。 # 举例： java -jar $picard Sam 阅读全文
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安装程序： # 使用conda安装lumpy-sv，报错： # CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch/repodata.json 阅读全文
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#查看centos版本 cat /etc/redhat-release# 或者：uname -a #删除目录 rm -rf dir#删除目录下的所有文件但是不删除目录本身rm -rf * #查看文件夹包含文件的详细信息： ll ls -lht ls -lt # 按照修改时间降序排列文件 # 模糊匹配 阅读全文
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# 提取指定的列 cat HD786_tumor.vcf| cut -d ';' -f 2 > HD786_tumor.plusmark.vcf# 默认分隔符是制表位（\t）# 如果是1到4列：cut -f 1-4# grep文本内搜索:同时满足多个条件grep "323168*" NG19-GXH 阅读全文
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SVTyper是lumpy推荐的处理结果vcf文件的软件， 它的工作原理的使用贝叶斯算法计算出基因型 软件运行环境： python2.7 电脑安装了python3的同学，建议搭建一个python2虚拟环境 我这里使用miniconda创建： conda create -n Python2.7 pyt 阅读全文
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使用pip命令之后报错，错误信息如下图： 提示egg_info文件错误 解决原理： 我在装载python3.6的机器上同时也安装了python2.7(软件需要)，使用python 3的pip来安装python 2的git包，当然会报错。 解决代码： wget https://pypi.python. 阅读全文