摘要: awk '$1==1&&$2~/^14/' test.csv |awk '{sum+=$3}END{print "Average = ", sum/NR}' $1,$2,$3代表第一,二,三列 awk '$1==1&&$2~/^14/' test.csv 找出了第一列精准匹配=1,第二列模糊匹配以1 阅读全文
posted @ 2022-08-07 14:41 YlnChen 阅读(761) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: syntax error near unexpected token `done’运行脚本文件出现syntax error near unexpected token `done’的问题 搜索发现很多答案给出的都是win 和linux 编码解码问题如果是编码问题用方案1解决 : 脚本如下:#!/bi 阅读全文
posted @ 2022-08-05 11:21 YlnChen 阅读(824) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 首先 nextflow很多函数和语句和Java是一样的,基于Java构建 nextflow学习手册:https://www.nextflow.io/docs/latest/script.html 有非常详尽的nextflow语法教学 第一个问题:为什么运行nextflow之后work文件夹全部是一样 阅读全文
posted @ 2022-07-27 11:21 YlnChen 阅读(172) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: #只提取fq.gz文件的前1000行形成一个新文件(更少的数据量会让测试跑得更快) zcat V350100615_noHED_B_L01_9_2.fq.gz |head -n 1000 |gzip -> less.fq.gz 阅读全文
posted @ 2022-07-26 17:42 YlnChen 阅读(204) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: https://github.com/nf-core/rnaseq/tree/master/docs 阅读全文
posted @ 2022-07-25 17:58 YlnChen 阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: json 对象,顾名思义,就知道它是一个对象。里面的 key 就是对象的属性。我们要访问一个对象的属性,只需要使 用【对象名.属性名】的方式访问即可 阅读全文
posted @ 2022-07-25 16:27 YlnChen 阅读(17) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 如下三种方法来设置环境变量: 1、直接用export命令:(临时) export PATH=$PATH:/opt/tools/bin 可用命令export查看 2、修改profile文件:(永久) 在文件中加入:export PATH="$PATH:/opt/tools/bin" 执行:. /etc 阅读全文
posted @ 2022-07-21 16:32 YlnChen 阅读(1085) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1、$_ 是默认参数的意思,指的是在不指定的情况下,程序处理的上一个变量,比如: open(IN,"<file.txt") while(<IN>) { print $_; } close(IN); 这个例子是打开一个文本文件,读取每一行,在没有指定参数的情况下,$_指向了从文件中读取的每一行。 2、 阅读全文
posted @ 2022-07-20 10:19 YlnChen 阅读(18) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 原网址:Python来做假设检验 - SegmentFault 思否 对于任何一个频率派的数据科学家而言,日常做数据分析难免还是会用到一些假设检验方法做一个数据探索和相关性、差异性分析,并且这也是做后续统计模型(机器学习类预测模型可以略过)预测的第一步。 这篇博文目的就是整理基本的假设检验方法、适用 阅读全文
posted @ 2021-04-27 11:05 YlnChen 阅读(457) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: // Error:// Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: bound must be positive// at java.base/java.util.Random.nextInt(Random.java: 阅读全文
posted @ 2020-04-23 11:48 YlnChen 阅读(1981) 评论(0) 推荐(0) 编辑