摘要: 按esc键进入 Normal Mode: 键盘直接输入:ggvGJ gg 用于跳到行首 v 转换成 visual 模式 G 跳到最后一行 J 合并行 阅读全文
posted @ 2022-08-30 15:09 YlnChen 阅读(669) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: #!/usr/bin/env python import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt import pandas as pd import sys import os outdir=sys.argv[1] depthfile=os.p 阅读全文
posted @ 2022-08-25 14:56 YlnChen 阅读(359) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 文字版: #!/usr/bin/env python # coding=gbk ##暗反应5,6cycle需要去除第5,6个碱基和他们的质量值## ##必须放在输出文件夹路径下运行,参数1是原始fq.gz文件,参数2是截取后fq.gz文件## ##命令行输入示例:python TrimBase.py 阅读全文
posted @ 2022-08-25 14:31 YlnChen 阅读(131) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在vim按shift+enter键,进入命令模式,然后输入:%s/\r//g 阅读全文
posted @ 2022-08-18 17:02 YlnChen 阅读(35) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: cat 1.txt | awk -v OFS="_" '{split($0,a,"/" ); print a[1], a[2]}' 阅读全文
posted @ 2022-08-18 16:26 YlnChen 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 查看项目 monitor stat 查看项目报错信息 monitor stat -p PROJECTID_BWA -m 3|grep fail 阅读全文
posted @ 2022-08-18 14:49 YlnChen 阅读(174) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在利用while read line读取文件时: 如果文件最后一行之后没有换行符\n,则read读取最后一行时遇到文件结束符EOF,循环即终止。 虽然,此时$line内存有最后一行,但程序已经没有机会再处理此行内容。因此导致了这个问题发生。解决方案如下: 1 cat $2 | while read 阅读全文
posted @ 2022-08-11 11:33 YlnChen 阅读(764) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: if语句一定要有空格!否则你写正确了也会认为是一个错误命令 if[$STR1=$STR2](错误写法) if [ $STR1 = $STR2 ](正确写法) if语句中如果不添加空格的话,"if["会被识别为一个未知的命令,在运行时就会报错:"command not found",添加正确的空格才能 阅读全文
posted @ 2022-08-09 16:42 YlnChen 阅读(190) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: #!/usr/bin/bashFolder_A=`pwd` cd $Folder_Afor file_a in ${Folder_A}/*do filepath=`basename $file_a` if [[ ${filepath:0-3:3} -eq "txt" ]] ##以txt文件为例##t 阅读全文
posted @ 2022-08-09 15:32 YlnChen 阅读(1148) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 循环读入很好写,可是每一行作为参数直接传给程序会报错,因为末尾有换行符 此时把换行符删除即可正常运行: cat fq.txt | while read linedo path=$(echo $line | sed 's/\r//') ##这一步就是替换每一行的换行符##samtools view $ 阅读全文
posted @ 2022-08-09 14:45 YlnChen 阅读(543) 评论(0) 推荐(0) 编辑