08 2022 档案

摘要:只想留下一些特定的行: 1用df2.index把index(行名)设置好 2用list1承装想留下的行名 3: df3 = df2[df2.index.isin(list1)] df3就是筛选过的新表 4:按list对df3进行排序: df4 = df3.reindex(list1) 阅读全文
posted @ 2022-08-31 16:26 YlnChen 阅读(382) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:import os import pandas as pd import numpy as np path =r"/**/**/**" #填上文件所在的目录 file_name = [] frames = [] for root,dirs,files in os.walk(path): #遍历根目录 阅读全文
posted @ 2022-08-30 18:00 YlnChen 阅读(30) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:按esc键进入 Normal Mode: 键盘直接输入:ggvGJ gg 用于跳到行首 v 转换成 visual 模式 G 跳到最后一行 J 合并行 阅读全文
posted @ 2022-08-30 15:09 YlnChen 阅读(698) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:#!/usr/bin/env python import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt import pandas as pd import sys import os outdir=sys.argv[1] depthfile=os.p 阅读全文
posted @ 2022-08-25 14:56 YlnChen 阅读(373) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:文字版: #!/usr/bin/env python # coding=gbk ##暗反应5,6cycle需要去除第5,6个碱基和他们的质量值## ##必须放在输出文件夹路径下运行,参数1是原始fq.gz文件,参数2是截取后fq.gz文件## ##命令行输入示例:python TrimBase.py 阅读全文
posted @ 2022-08-25 14:31 YlnChen 阅读(137) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在vim按shift+enter键,进入命令模式,然后输入:%s/\r//g 阅读全文
posted @ 2022-08-18 17:02 YlnChen 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:cat 1.txt | awk -v OFS="_" '{split($0,a,"/" ); print a[1], a[2]}' 阅读全文
posted @ 2022-08-18 16:26 YlnChen 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:查看项目 monitor stat 查看项目报错信息 monitor stat -p PROJECTID_BWA -m 3|grep fail 阅读全文
posted @ 2022-08-18 14:49 YlnChen 阅读(177) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在利用while read line读取文件时: 如果文件最后一行之后没有换行符\n,则read读取最后一行时遇到文件结束符EOF,循环即终止。 虽然,此时$line内存有最后一行,但程序已经没有机会再处理此行内容。因此导致了这个问题发生。解决方案如下: 1 cat $2 | while read 阅读全文
posted @ 2022-08-11 11:33 YlnChen 阅读(814) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:if语句一定要有空格!否则你写正确了也会认为是一个错误命令 if[$STR1=$STR2](错误写法) if [ $STR1 = $STR2 ](正确写法) if语句中如果不添加空格的话,"if["会被识别为一个未知的命令,在运行时就会报错:"command not found",添加正确的空格才能 阅读全文
posted @ 2022-08-09 16:42 YlnChen 阅读(204) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:#!/usr/bin/bashFolder_A=`pwd` cd $Folder_Afor file_a in ${Folder_A}/*do filepath=`basename $file_a` if [[ ${filepath:0-3:3} -eq "txt" ]] ##以txt文件为例##t 阅读全文
posted @ 2022-08-09 15:32 YlnChen 阅读(1156) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:循环读入很好写,可是每一行作为参数直接传给程序会报错,因为末尾有换行符 此时把换行符删除即可正常运行: cat fq.txt | while read linedo path=$(echo $line | sed 's/\r//') ##这一步就是替换每一行的换行符##samtools view $ 阅读全文
posted @ 2022-08-09 14:45 YlnChen 阅读(556) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:awk '$1==1&&$2~/^14/' test.csv |awk '{sum+=$3}END{print "Average = ", sum/NR}' $1,$2,$3代表第一,二,三列 awk '$1==1&&$2~/^14/' test.csv 找出了第一列精准匹配=1,第二列模糊匹配以1 阅读全文
posted @ 2022-08-07 14:41 YlnChen 阅读(807) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:syntax error near unexpected token `done’运行脚本文件出现syntax error near unexpected token `done’的问题 搜索发现很多答案给出的都是win 和linux 编码解码问题如果是编码问题用方案1解决 : 脚本如下:#!/bi 阅读全文
posted @ 2022-08-05 11:21 YlnChen 阅读(881) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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