07 2022 档案

摘要:首先 nextflow很多函数和语句和Java是一样的,基于Java构建 nextflow学习手册:https://www.nextflow.io/docs/latest/script.html 有非常详尽的nextflow语法教学 第一个问题:为什么运行nextflow之后work文件夹全部是一样 阅读全文
posted @ 2022-07-27 11:21 YlnChen 阅读(199) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:#只提取fq.gz文件的前1000行形成一个新文件(更少的数据量会让测试跑得更快) zcat V350100615_noHED_B_L01_9_2.fq.gz |head -n 1000 |gzip -> less.fq.gz 阅读全文
posted @ 2022-07-26 17:42 YlnChen 阅读(226) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://github.com/nf-core/rnaseq/tree/master/docs 阅读全文
posted @ 2022-07-25 17:58 YlnChen 阅读(23) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:json 对象,顾名思义,就知道它是一个对象。里面的 key 就是对象的属性。我们要访问一个对象的属性,只需要使 用【对象名.属性名】的方式访问即可 阅读全文
posted @ 2022-07-25 16:27 YlnChen 阅读(18) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:如下三种方法来设置环境变量: 1、直接用export命令:(临时) export PATH=$PATH:/opt/tools/bin 可用命令export查看 2、修改profile文件:(永久) 在文件中加入:export PATH="$PATH:/opt/tools/bin" 执行:. /etc 阅读全文
posted @ 2022-07-21 16:32 YlnChen 阅读(1103) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、$_ 是默认参数的意思,指的是在不指定的情况下,程序处理的上一个变量,比如: open(IN,"<file.txt") while(<IN>) { print $_; } close(IN); 这个例子是打开一个文本文件,读取每一行,在没有指定参数的情况下,$_指向了从文件中读取的每一行。 2、 阅读全文
posted @ 2022-07-20 10:19 YlnChen 阅读(19) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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