04 2020 档案
摘要：// Error:// Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: bound must be positive// at java.base/java.util.Random.nextInt(Random.java:
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摘要：例如我有一列的内容是： A B A C D D A F 那么，我只想显示A和F所在的行 怎么实现？ 答案： ”筛选“ 》”按文本筛选“ 》在”A“，”F“之前的方框打勾即可
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摘要：编写了几个Java类，反复检查多次代码没毛病 点击运行，却报错： Error:Internal error: (java.net.MalformedURLException) unknown protocol: jrt 上网搜寻到了原因： 看看你的jdk是否是14.0版本？ intelliJ官网说1
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摘要：液体活检（Liquid biopsy）液体活检也称为液体活检或液相活检，是对非固体生物组织（主要是血液）的采样和分析。像传统的活检一样，这种类型的技术主要用作癌症等疾病的诊断和监测工具，其主要优点是无创。 因此，它也可以更频繁地完成，从而可以更好地跟踪一段时间内的肿瘤和突变。 通过在几周内进行多次液
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摘要：DNA测序（同义词：DNA深度测序| DNA高通量测序）包括全基因组测序（WGS），全外显子组测序（WES或WXS）和靶向测序。 WGS意味着对整个DNA基因组进行测序， 而WES专注于mRNA编码区（外显子）进行测序，而mRNA编码区（外显子）通常只占很小的基因组部分（在人类中为3％）。 尽管WG
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摘要：# genefuse# 手头有一批DNA数据，打算进行基因融合分析# Google搜罗一番，发现都是基于转录组RNA数据的# 好不容易找到一款基于DNA数据，genefuse！在GitHub，anaconda都有源代码包# 软件原网址：# https://github.com/OpenGene/ge
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摘要：# COSMIC？ # (the Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) database. # druggable？# 有药可靶向# undruggable：# 无药可靶向 # Curated？# 在很大程度上与“ manuallycurated”同义，
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摘要：# 首先确定流程： # *.vcf(包含起始位点，染色体) > *.annotated.vcf(包含基因名称) # 通过流程可知： # 我们需要bed文件。因为bed文件包含： # 染色体序号，起，止位点，基因的symbol # 确定好流程之后，我们开始搜寻需要的资料。 # 一个忠告：一定去Goog
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摘要：# vep # 使用vep对manta结果进行注释 # manta结果是染色体结构变异(SV),这里使用vep进行注释 # vep官方说明文档： # http://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_tutorial.html # 安装 c
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摘要：# 非root用户安装perl5在用户目录： wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.30.2.tar.gz tar -zxvf perl-5.30.2.tar.gz sh Configure -des -Dprefix=/home/yiln \ # 设置用
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摘要：1、编写hello world脚本 #!/bin/bash echo "Hello World!" 2、通过位置变量创建 Linux 系统账户及密码 #!/bin/bash useradd "$1" echo "$2" | passwd ‐‐stdin "$1" #$1 是传给脚本的第一个参数,$2
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摘要：# manta# 想要获得somatic的SV变异，所以使用了manta软件 # 安装：# 千万不要去github下载源代码安装！！！本人安装了两整天没装好，简直怀疑人生，果断弃坑！！# 划重点：使用conda安装！！！ conda create -n manta conda activate ma
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摘要：# 下载了一个.tar.bz2结尾的压缩文件，# 使用tar -xjf解压，但是报错。 # 报错信息：# bzip2: Compressed file ends unexpectedly; # perhaps it is corrupted? *Possible* reason follows.#
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摘要：今天写了一个shell脚本，放在Linux运行 bash test.sh 诡异的事情发生了 脚本没有报错，但也没运行，直接自动终止，跳出新的命令行，提示我输入新的命令 。。。 怀疑是在notepad++上面编辑代码导致换行符不对（Windows和Linux换行符不一样） cat -A test.sh
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摘要：从Github下载了seeksv，发现文件夹存在绿色的可执行文件那就不啰嗦了，直接敲命令：seeksv，结果毫无反应 报错：“bash: seeksv: 未找到命令...” 原理：seeksv无法被bash识别的格式怀疑是32位操作系统上用的，而不是64位 而且网上seeksv的教程也相当少果断弃用
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摘要：# 管道命令 # 当在两个命令之间设置管道时，管道符|左边命令的输出就变成了右边命令的输入。 # 只要第一个命令向标准输出写入，而第二个命令是从标准输入读取，那么这两个命令就可以形成一个管道。 # 大部分的 Linux 命令都可以用来形成管道。 # 举例： java -jar $picard Sam
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摘要：安装程序： # 使用conda安装lumpy-sv，报错： # CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch/repodata.json
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摘要：#查看centos版本 cat /etc/redhat-release# 或者：uname -a #删除目录 rm -rf dir#删除目录下的所有文件但是不删除目录本身rm -rf * #查看文件夹包含文件的详细信息： ll ls -lht ls -lt # 按照修改时间降序排列文件 # 模糊匹配
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摘要：# 提取指定的列 cat HD786_tumor.vcf| cut -d ';' -f 2 > HD786_tumor.plusmark.vcf# 默认分隔符是制表位（\t）# 如果是1到4列：cut -f 1-4# grep文本内搜索:同时满足多个条件grep "323168*" NG19-GXH
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摘要：SVTyper是lumpy推荐的处理结果vcf文件的软件， 它的工作原理的使用贝叶斯算法计算出基因型 软件运行环境： python2.7 电脑安装了python3的同学，建议搭建一个python2虚拟环境 我这里使用miniconda创建： conda create -n Python2.7 pyt
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摘要：使用pip命令之后报错，错误信息如下图： 提示egg_info文件错误 解决原理： 我在装载python3.6的机器上同时也安装了python2.7(软件需要)，使用python 3的pip来安装python 2的git包，当然会报错。 解决代码： wget https://pypi.python.
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