Linux:按一个文件的每一行查找另一个文件

 

#!/usr/bin/bash
for j in `ls $1/*/*_nv.tsv`  #我的目标文件是以_nv.tsv结尾的，所以将他们全列出
do
  jj=${j##*/}
  jjj=${jj%_*}
  echo $jjj  >> testnv.txt      #将文件名带出来，前面的jjj是字符串截取，不要路径和后缀只要文件名
  for i in `awk '{print $2}' new.txt`    #查找的元素在new.txt的第二列
  do
    grep $i $j >> testnv.txt   #grep会将含有查找元素的那一行全部找到，追加写入到结果文件
  done
done

　　

下面来一个进阶判断版本的：

#!/usr/bin/bash
for j in `ls $1/*/*_nv.tsv`  #我的目标文件是以_nv.tsv结尾的，所以将他们全列出
do
  jj=${j##*/}
  jjj=${jj%_*}
  echo $jjj  >> testnv.txt      #将文件名带出来，前面的jjj是字符串截取，不要路径和后缀只要文件名
  for i in `awk '{print $2}' new.txt`    #查找的元素在new.txt的第二列
  do
    if grep -q $i $j         #grep到了就将j文件包含i行的一整行写入文件，行首加文件名
    then
      grep $i $j | sed 's/^/'"$jjj"' /' >> $2/t.tsv
      else
      echo "${jjj} 0 nomatchfor${i} " >> $2/snv_freq_t.tsv          #没grep到就在第一列写入“nomatchfor查找的文本”
    fi
  done
done