genefuse使用DNA数据检测融合基因神器
# genefuse
# 手头有一批DNA数据,打算进行基因融合分析
# Google搜罗一番,发现都是基于转录组RNA数据的
# 好不容易找到一款基于DNA数据,genefuse!在GitHub,anaconda都有源代码包
# 软件原网址:
# https://github.com/OpenGene/genefuse
# genefuse直接基于fastq文件分析,所以你只要准备好fastq.gz文件就可以
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 | # 安装 conda install -c bioconda genefuse # 使用 genefuse --ref /biodata/pipeline/TUMOR/database/hg19/hg19 .nonhap.fa \ # 参考基因组,这里使用hg19也就是Grh37 --fusion /biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/genefuse/GeneFuse/genes/druggable .hg19.csv \ # druggable.hg19.csv是软件自带的基于hg19基因组的全部可用药靶点的文件, # 此外,还有cancer.hg19.csv,是整理了来自COSMIC数据库的全部已经实验验证的与癌症相关的基因融合,良心! # druggable.hg19.csv比cancer.hg19.csv包含的基因数目小,所以跑起来更快,速度大概相差5倍 --read1 NG19-GXH0818-FFPE_S3_R1_001.fastq.gz \ # 双端测序的序列1 --read2 NG19-GXH0818-FFPE_S3_R2_001.fastq.gz \ # 双端测序的序列2 --html ${sample_id}.html > ${sample_id}.html #输出结果,可以选择html,json两种格式 # 当然,也可以针对自己感兴趣的基因配置fusion file,使用软件自带的脚本:gen_fusion_file.jl # 需要提供:自己感兴趣基因列表(使用空格或者换行符分隔,注意linux,windows换行符不一样) julia scripts /gen_fusion_file .jl -r hg19 -g genes.txt -f fusion.csv |
# 这个软件真是太好用了!
May we all proceed with wisdom and grace.
https://www.cnblogs.com/YlnChen/
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