常用Linux对脚本的基本操作——持续更新

# 管道命令
# 当在两个命令之间设置管道时，管道符|左边命令的输出就变成了右边命令的输入。
# 只要第一个命令向标准输出写入，而第二个命令是从标准输入读取，那么这两个命令就可以形成一个管道。
# 大部分的 Linux 命令都可以用来形成管道。
# 举例： 
java -jar $picard SamToFastq\
    I=${sample}.umi.uBAM\
    F=/dev/stout\ ##管道的最开始写stdout#
    INTERLEAVE=true\
    |bwa mem -p -t $hg19 /dev/stdin\ ##管道2写stdin##
    |java -jar $picard MergeBamAlignment\
    UNMAPPED=${sample}.umi.uBAM\
    ALIGNED=/dev/stdin\ ##管道3写stdin##

 #vim使用

1、查看文件：

vi

　　

2、退出：按esc之后出现：

保存并退出;

wq

　　

不保存并退出：

q!

注：

vim编辑完成后 按ESC毫无反映，下边也没有出现可输入的地方，怎么办？：可以试试按住shift再按：键，然后就会在下面出现：了

3、文本注释符

//和#一样，都是注释只不过是单行注释

#

cat file1 file2 >> file3 将file1和file2的内容结合起来追加到file3中

　和cat一样可以用重定向符“>”和“>>”将输出的内容写到文件

在行首添加注释

 

:%s/^/加上内容