随笔分类 -  Linux_BasicOperation

记录在Linux的基本操作
摘要:find -name '*.sam' -exec rm -f {} \; 注意1:{}前后都有空格 注意2:最后的分号不能省略,因为-exec语句是以分号作为判断是否结束的标志,分号前面的反斜杠是转义符 阅读全文
posted @ 2022-09-23 11:26 YlnChen 阅读(597) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:sed -i '1s/.*/JJJ /' 1.txt #将1.txt第一行的全部内容替换为JJJ空格 阅读全文
posted @ 2022-09-08 16:18 YlnChen 阅读(400) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:i=0 #使用i,j两个自增变量将基因起点和对应的基因名称存于a,b两个变量 while [ $i -lt 12 ] #1.txt一共有11行 do # echo $i # echo $j ((i++)) a=`awk 'NR=='$i'{print $2}' ./1.txt` #a是1.txt文件 阅读全文
posted @ 2022-09-08 16:15 YlnChen 阅读(227) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:sed 's/^/JJJ /' 1.txt 会在行首增加JJJ和一个空格 阅读全文
posted @ 2022-09-08 16:01 YlnChen 阅读(90) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:awk 'NR==1{print} ' 1.txt 阅读全文
posted @ 2022-09-08 15:58 YlnChen 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:i=0j=0while [ $i -lt 5 ] && [ $j -lt 5 ] #限制自增最大值,5是因为1.txt一共4行do # echo $i # echo $j ((i++)) ((j++)) a=`awk 'NR=='$i'{print $2}' ./1.txt` #拿到1.txt里面第 阅读全文
posted @ 2022-09-07 15:37 YlnChen 阅读(469) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:#!/usr/bin/bash for j in `ls $1/*/*_nv.tsv` #我的目标文件是以_nv.tsv结尾的,所以将他们全列出 do jj=${j##*/} jjj=${jj%_*} echo $jjj >> testnv.txt #将文件名带出来,前面的jjj是字符串截取,不要路 阅读全文
posted @ 2022-09-01 17:40 YlnChen 阅读(472) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:假设定义了一个变量为:代码如下: file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt 可以用${ }分别替换得到不同的值:${file#*/}:删掉第一个 / 及其左边的字符串:dir1/dir2/dir3/my.file.txt${file##*/}:删掉最后一个 / 及其左边的字符 阅读全文
posted @ 2022-09-01 14:34 YlnChen 阅读(285) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:按esc键进入 Normal Mode: 键盘直接输入:ggvGJ gg 用于跳到行首 v 转换成 visual 模式 G 跳到最后一行 J 合并行 阅读全文
posted @ 2022-08-30 15:09 YlnChen 阅读(698) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在vim按shift+enter键,进入命令模式,然后输入:%s/\r//g 阅读全文
posted @ 2022-08-18 17:02 YlnChen 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:cat 1.txt | awk -v OFS="_" '{split($0,a,"/" ); print a[1], a[2]}' 阅读全文
posted @ 2022-08-18 16:26 YlnChen 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在利用while read line读取文件时: 如果文件最后一行之后没有换行符\n,则read读取最后一行时遇到文件结束符EOF,循环即终止。 虽然,此时$line内存有最后一行,但程序已经没有机会再处理此行内容。因此导致了这个问题发生。解决方案如下: 1 cat $2 | while read 阅读全文
posted @ 2022-08-11 11:33 YlnChen 阅读(814) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:if语句一定要有空格!否则你写正确了也会认为是一个错误命令 if[$STR1=$STR2](错误写法) if [ $STR1 = $STR2 ](正确写法) if语句中如果不添加空格的话,"if["会被识别为一个未知的命令,在运行时就会报错:"command not found",添加正确的空格才能 阅读全文
posted @ 2022-08-09 16:42 YlnChen 阅读(204) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:#!/usr/bin/bashFolder_A=`pwd` cd $Folder_Afor file_a in ${Folder_A}/*do filepath=`basename $file_a` if [[ ${filepath:0-3:3} -eq "txt" ]] ##以txt文件为例##t 阅读全文
posted @ 2022-08-09 15:32 YlnChen 阅读(1156) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:循环读入很好写,可是每一行作为参数直接传给程序会报错,因为末尾有换行符 此时把换行符删除即可正常运行: cat fq.txt | while read linedo path=$(echo $line | sed 's/\r//') ##这一步就是替换每一行的换行符##samtools view $ 阅读全文
posted @ 2022-08-09 14:45 YlnChen 阅读(556) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:awk '$1==1&&$2~/^14/' test.csv |awk '{sum+=$3}END{print "Average = ", sum/NR}' $1,$2,$3代表第一,二,三列 awk '$1==1&&$2~/^14/' test.csv 找出了第一列精准匹配=1,第二列模糊匹配以1 阅读全文
posted @ 2022-08-07 14:41 YlnChen 阅读(807) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:syntax error near unexpected token `done’运行脚本文件出现syntax error near unexpected token `done’的问题 搜索发现很多答案给出的都是win 和linux 编码解码问题如果是编码问题用方案1解决 : 脚本如下:#!/bi 阅读全文
posted @ 2022-08-05 11:21 YlnChen 阅读(882) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:如下三种方法来设置环境变量: 1、直接用export命令:(临时) export PATH=$PATH:/opt/tools/bin 可用命令export查看 2、修改profile文件:(永久) 在文件中加入:export PATH="$PATH:/opt/tools/bin" 执行:. /etc 阅读全文
posted @ 2022-07-21 16:32 YlnChen 阅读(1103) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、编写hello world脚本 #!/bin/bash echo "Hello World!" 2、通过位置变量创建 Linux 系统账户及密码 #!/bin/bash useradd "$1" echo "$2" | passwd ‐‐stdin "$1" #$1 是传给脚本的第一个参数,$2 阅读全文
posted @ 2020-04-15 18:00 YlnChen 阅读(3728) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:# 下载了一个.tar.bz2结尾的压缩文件,# 使用tar -xjf解压,但是报错。 # 报错信息:# bzip2: Compressed file ends unexpectedly; # perhaps it is corrupted? *Possible* reason follows.# 阅读全文
posted @ 2020-04-13 11:25 YlnChen 阅读(4014) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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