随笔分类 - Linux_BasicOperation
记录在Linux的基本操作
摘要：find -name '*.sam' -exec rm -f {} \; 注意1：{}前后都有空格 注意2：最后的分号不能省略，因为-exec语句是以分号作为判断是否结束的标志，分号前面的反斜杠是转义符
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摘要：sed -i '1s/.*/JJJ /' 1.txt #将1.txt第一行的全部内容替换为JJJ空格
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摘要：i=0 #使用i，j两个自增变量将基因起点和对应的基因名称存于a，b两个变量 while [ $i -lt 12 ] #1.txt一共有11行 do # echo $i # echo $j ((i++)) a=`awk 'NR=='$i'{print $2}' ./1.txt` #a是1.txt文件
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摘要：sed 's/^/JJJ /' 1.txt 会在行首增加JJJ和一个空格
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摘要：awk 'NR==1{print} ' 1.txt
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摘要：i=0j=0while [ $i -lt 5 ] && [ $j -lt 5 ] #限制自增最大值，5是因为1.txt一共4行do # echo $i # echo $j ((i++)) ((j++)) a=`awk 'NR=='$i'{print $2}' ./1.txt` #拿到1.txt里面第
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摘要：#!/usr/bin/bash for j in `ls $1/*/*_nv.tsv` #我的目标文件是以_nv.tsv结尾的，所以将他们全列出 do jj=${j##*/} jjj=${jj%_*} echo $jjj >> testnv.txt #将文件名带出来，前面的jjj是字符串截取，不要路
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摘要：假设定义了一个变量为：代码如下: file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt 可以用${ }分别替换得到不同的值：${file#*/}：删掉第一个 / 及其左边的字符串：dir1/dir2/dir3/my.file.txt${file##*/}：删掉最后一个 / 及其左边的字符
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摘要：按esc键进入 Normal Mode： 键盘直接输入：ggvGJ gg 用于跳到行首 v 转换成 visual 模式 G 跳到最后一行 J 合并行
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摘要：在vim按shift+enter键，进入命令模式，然后输入：%s/\r//g
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摘要：cat 1.txt | awk -v OFS="_" '{split($0,a,"/" ); print a[1], a[2]}'
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摘要：在利用while read line读取文件时： 如果文件最后一行之后没有换行符\n，则read读取最后一行时遇到文件结束符EOF，循环即终止。 虽然，此时$line内存有最后一行，但程序已经没有机会再处理此行内容。因此导致了这个问题发生。解决方案如下： 1 cat $2 | while read
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摘要：if语句一定要有空格！否则你写正确了也会认为是一个错误命令 if[$STR1=$STR2](错误写法) if [ $STR1 = $STR2 ](正确写法) if语句中如果不添加空格的话，"if["会被识别为一个未知的命令，在运行时就会报错："command not found"，添加正确的空格才能
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摘要：#!/usr/bin/bashFolder_A=`pwd` cd $Folder_Afor file_a in ${Folder_A}/*do filepath=`basename $file_a` if [[ ${filepath:0-3:3} -eq "txt" ]] ##以txt文件为例##t
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摘要：循环读入很好写，可是每一行作为参数直接传给程序会报错，因为末尾有换行符 此时把换行符删除即可正常运行： cat fq.txt | while read linedo path=$(echo $line | sed 's/\r//') ##这一步就是替换每一行的换行符##samtools view $
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摘要：awk '$1==1&&$2~/^14/' test.csv |awk '{sum+=$3}END{print "Average = ", sum/NR}' $1,$2,$3代表第一，二，三列 awk '$1==1&&$2~/^14/' test.csv 找出了第一列精准匹配=1，第二列模糊匹配以1
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摘要：syntax error near unexpected token `done’运行脚本文件出现syntax error near unexpected token `done’的问题 搜索发现很多答案给出的都是win 和linux 编码解码问题如果是编码问题用方案1解决 ： 脚本如下：#!/bi
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摘要：如下三种方法来设置环境变量： 1、直接用export命令：(临时) export PATH=$PATH:/opt/tools/bin 可用命令export查看 2、修改profile文件：(永久) 在文件中加入:export PATH="$PATH:/opt/tools/bin" 执行：. /etc
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摘要：1、编写hello world脚本 #!/bin/bash echo "Hello World!" 2、通过位置变量创建 Linux 系统账户及密码 #!/bin/bash useradd "$1" echo "$2" | passwd ‐‐stdin "$1" #$1 是传给脚本的第一个参数,$2
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摘要：# 下载了一个.tar.bz2结尾的压缩文件，# 使用tar -xjf解压，但是报错。 # 报错信息：# bzip2: Compressed file ends unexpectedly; # perhaps it is corrupted? *Possible* reason follows.#
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