随笔分类 - Bioinformatics_Linux_Software
记录在Linux上使用五花八门的生物信息学软件
摘要:首先 nextflow很多函数和语句和Java是一样的,基于Java构建 nextflow学习手册:https://www.nextflow.io/docs/latest/script.html 有非常详尽的nextflow语法教学 第一个问题:为什么运行nextflow之后work文件夹全部是一样
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摘要:# genefuse# 手头有一批DNA数据,打算进行基因融合分析# Google搜罗一番,发现都是基于转录组RNA数据的# 好不容易找到一款基于DNA数据,genefuse!在GitHub,anaconda都有源代码包# 软件原网址:# https://github.com/OpenGene/ge
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摘要:# 首先确定流程: # *.vcf(包含起始位点,染色体) > *.annotated.vcf(包含基因名称) # 通过流程可知: # 我们需要bed文件。因为bed文件包含: # 染色体序号,起,止位点,基因的symbol # 确定好流程之后,我们开始搜寻需要的资料。 # 一个忠告:一定去Goog
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摘要:# vep # 使用vep对manta结果进行注释 # manta结果是染色体结构变异(SV),这里使用vep进行注释 # vep官方说明文档: # http://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_tutorial.html # 安装 c
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摘要:# 非root用户安装perl5在用户目录: wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.30.2.tar.gz tar -zxvf perl-5.30.2.tar.gz sh Configure -des -Dprefix=/home/yiln \ # 设置用
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摘要:# manta# 想要获得somatic的SV变异,所以使用了manta软件 # 安装:# 千万不要去github下载源代码安装!!!本人安装了两整天没装好,简直怀疑人生,果断弃坑!!# 划重点:使用conda安装!!! conda create -n manta conda activate ma
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摘要:从Github下载了seeksv,发现文件夹存在绿色的可执行文件那就不啰嗦了,直接敲命令:seeksv,结果毫无反应 报错:“bash: seeksv: 未找到命令...” 原理:seeksv无法被bash识别的格式怀疑是32位操作系统上用的,而不是64位 而且网上seeksv的教程也相当少果断弃用
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摘要:安装程序: # 使用conda安装lumpy-sv,报错: # CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch/repodata.json
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摘要:SVTyper是lumpy推荐的处理结果vcf文件的软件, 它的工作原理的使用贝叶斯算法计算出基因型 软件运行环境: python2.7 电脑安装了python3的同学,建议搭建一个python2虚拟环境 我这里使用miniconda创建: conda create -n Python2.7 pyt
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