随笔分类 - Bioinformatics_Linux_Software
记录在Linux上使用五花八门的生物信息学软件
摘要：首先 nextflow很多函数和语句和Java是一样的，基于Java构建 nextflow学习手册：https://www.nextflow.io/docs/latest/script.html 有非常详尽的nextflow语法教学 第一个问题：为什么运行nextflow之后work文件夹全部是一样
阅读全文
摘要：# genefuse# 手头有一批DNA数据，打算进行基因融合分析# Google搜罗一番，发现都是基于转录组RNA数据的# 好不容易找到一款基于DNA数据，genefuse！在GitHub，anaconda都有源代码包# 软件原网址：# https://github.com/OpenGene/ge
阅读全文
摘要：# 首先确定流程： # *.vcf(包含起始位点，染色体) > *.annotated.vcf(包含基因名称) # 通过流程可知： # 我们需要bed文件。因为bed文件包含： # 染色体序号，起，止位点，基因的symbol # 确定好流程之后，我们开始搜寻需要的资料。 # 一个忠告：一定去Goog
阅读全文
摘要：# vep # 使用vep对manta结果进行注释 # manta结果是染色体结构变异(SV),这里使用vep进行注释 # vep官方说明文档： # http://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_tutorial.html # 安装 c
阅读全文
摘要：# 非root用户安装perl5在用户目录： wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.30.2.tar.gz tar -zxvf perl-5.30.2.tar.gz sh Configure -des -Dprefix=/home/yiln \ # 设置用
阅读全文
摘要：# manta# 想要获得somatic的SV变异，所以使用了manta软件 # 安装：# 千万不要去github下载源代码安装！！！本人安装了两整天没装好，简直怀疑人生，果断弃坑！！# 划重点：使用conda安装！！！ conda create -n manta conda activate ma
阅读全文
摘要：从Github下载了seeksv，发现文件夹存在绿色的可执行文件那就不啰嗦了，直接敲命令：seeksv，结果毫无反应 报错：“bash: seeksv: 未找到命令...” 原理：seeksv无法被bash识别的格式怀疑是32位操作系统上用的，而不是64位 而且网上seeksv的教程也相当少果断弃用
阅读全文
摘要：安装程序： # 使用conda安装lumpy-sv，报错： # CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch/repodata.json
阅读全文
摘要：SVTyper是lumpy推荐的处理结果vcf文件的软件， 它的工作原理的使用贝叶斯算法计算出基因型 软件运行环境： python2.7 电脑安装了python3的同学，建议搭建一个python2虚拟环境 我这里使用miniconda创建： conda create -n Python2.7 pyt
阅读全文
