Red Hat Enterprise Linux 7.4集群系统安装CFDEM

在学校的Red Hat Enterprise Linux 7.4集群上安装CFDEM。

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安装OpenFOAM（新集群）

1.安装需要的依赖包######这一步基本上用不到######

###yum groupinstall 'Development Tools'

###yum install zlib-devel libXext-devel libGLU-devel libXt-devel libXrender-devel libXinerama-devel libpng-devel libXrandr-devel libXi-devel libXft-devel libjpeg-turbo-devel libXcursor-devel readline-devel ncurses-devel python python-devel cmake qt-devel qt-assistant mpfr-devel gmp-devel

###yum upgrade

###如果普通用户可以访问/home，此时可以退出管理员账户

###su 普通账户

###添加新用户

###useradd -d /gpfsdata/home/cfdem -m cfdem

###给新用户添加密码

###passwd cfdem

########文中的“ /gpfsdata/home/cfdem/”指的是用户的家目录的文件路径########

2.获取OpenFOAM

获取OpenFOAM有很多的方法，列举一种

1 cd $HOME
2 
3 mkdir OpenFOAM
4 
5 cd OpenFOAM
6 
7 git clone https://github.com/OpenFOAM/OpenFOAM-5.x.git
8 
9 git clone https://github.com/OpenFOAM/ThirdParty-5.x.git

或者自己直接上传然后解压缩

1 unzip OpenFOAM-5.x-master.zip
2 
3 unzip ThirdParty-5.x-master.zip

解压缩之后修改文件夹名称

1 mv OpenFOAM-5.x-master OpenFOAM-5.x
2 
3 mv ThirdParty-5.x-master ThirdParty-5.x

3.安装openmpi

将压缩包上传到home中并解压缩

1 tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz
2 
3 cd openmpi-3.1.0/
4 
5 ./configure --prefix=/gpfsdata/home/cfdem/openmpi
6 
7 make
8 
9 make install

4. 在$HOME文件夹中创建openmpi的环境变量

1 cd $HOME
2 
3 touch openmpi-env.sh
4 
5 vim openmpi-env.sh

并添加

export MPI_HOME=/gpfsdata/home/cfdem/openmpi
export PATH=${MPI_HOME}/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=${MPI_HOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export MANPATH=${MPI_HOME}/share/man:${MANPATH}

5.在$HOME中创建gcc的环境变量

1 touch gcc-env.sh

查看gcc路径

1 which gcc

编辑gcc-env.sh文件

1 vim gcc-env.sh

并添加

#!/bin/bash
GCC_HOME=/usr
export PATH=${GCC_HOME}/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=${GCC_HOME}/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=${GCC_HOME}/share/man:$MANPATH

另外关于查看mpi和gcc的方法

1 which mpirun
2 
3 which gcc

6.配置OpenFoam环境变量

1 vim ~/.bashrc

并添加

export PATH=$PATH:/gpfsdata/home/cfdem/openmpi/bin

export LD_LIBRARY_PATH=/gpfsdata/home/cfdem/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

 

source /gpfsdata/home/cfdem/gcc-env.sh

source /gpfsdata/home/cfdem/openmpi-env.sh

 

export WM_NCOMPPROCS=10

source $HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-5.x/etc/bashrc

保存并退出

1 source ~/.bashrc

7.编译OpenFoam

1 cd $WM_PROJECT_DIR

并执行

1 ./Allwmake

安装LIGGGHTS和CFDEM（新集群）

1.创建文件夹，上传压缩包，解压，重命名

 1 cd $HOME
 2 
 3 mkdir LIGGGHTS
 4 
 5 cd LIGGGHTS
 6 
 7 unzip LIGGGHTS-PUBLIC-master.zip
 8 
 9 unzip LPP-master.zip
10 
11 mv LIGGGHTS-PUBLIC-master LIGGGHTS-PUBLIC
12 
13 mv LPP-master lpp
14 
15 cd $HOME
16 
17 mkdir CFDEM
18 
19 cd CFDEM
20 
21 unzip CFDEMcoupling-PUBLIC-master.zip
22 
23 mv CFDEMcoupling-PUBLIC-master CFDEMcoupling-PUBLIC

2.上传VTK-7.1.1.tar.gz

1 cd $HOME

上传VTK-7.1.1.tar.gz

解压

1 tar -xvf VTK-7.1.1.tar.gz

重命名

1 mv VTK-7.1.1 vtk

3.修改LIGGGHTS中的make文件

1 cd $HOME/LIGGGHTS/LIGGGHTS-PUBLIC/src

执行make auto使其生成Makefile.user文件

1 cd $HOME/LIGGGHTS/LIGGGHTS-PUBLIC/src/MAKE
1 vim Makefile.user并设置AUTOINSTALL_VTK = "ON"
1 vim Makefile.auto并进行如下修改：

注销原来的764行和771行（注意，是原来的），并分别在其下方添加：

1 764行：TMP := $(shell mkdir -p "$(LIB_PATH)/vtk/src" && echo 0 || echo -1)
2 771行：TMP := $(shell cp -ra /public/home/cfdem/vtk/* $(LIB_PATH)/vtk/src/ && echo 0 || echo -1)

删掉/public/home/cfdem/LIGGGHTS/LIGGGHTS-PUBLIC/lib下的vtk文件夹

4.设置环境变量

1 cd $HOME/CFDEM
2 mv CFDEMcoupling-PUBLIC CFDEMcoupling-PUBLIC-$WM_PROJECT_VERSION
3 vim ~/.bashrc $HOME/CFDEM/CFDEMcoupling-PUBLIC-$WM_PROJECT_VERSION/src/lagrangian/cfdemParticle/etc/bashrc

添加下面内容

#================================================#
#- source cfdem env vars
export CFDEM_VERSION=PUBLIC
export CFDEM_PROJECT_DIR=$HOME/CFDEM/CFDEMcoupling-$CFDEM_VERSION-$WM_PROJECT_VERSION
export CFDEM_PROJECT_USER_DIR=$HOME/CFDEM/$LOGNAME-$CFDEM_VERSION-$WM_PROJECT_VERSION
export CFDEM_bashrc=$CFDEM_PROJECT_DIR/src/lagrangian/cfdemParticle/etc/bashrc
export CFDEM_LIGGGHTS_SRC_DIR=$HOME/LIGGGHTS/LIGGGHTS-PUBLIC/src
export CFDEM_LIGGGHTS_MAKEFILE_NAME=auto
export CFDEM_LPP_DIR=$HOME/LIGGGHTS/lpp/src
. $CFDEM_bashrc
#================================================#

保存并退出

1 source ~/.bashrc

5.编译LIGGGHTS和CFDEM

打开新的终端输入下面命令编译LIGGGHTS

1 cfdemCompLIG

等待编译完LIGGGHTS之后，添加vtk的环境变量

1 vim ~/.bashrc

添加

######VTK

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/gpfsdata/home/cfdem/LIGGGHTS/LIGGGHTS-PUBLIC/lib/vtk/install/lib

保存并退出

1 source ~/.bashrc

分别输入下面命令编译CFDEM，

1 cfdemCompCFDEMsrc
2 
3 cfdemCompCFDEMsol
4 
5 cfdemCompCFDEMuti

如果遇到计算时出现“mpi找不到可执行程序cfdemSolverPiso的问题”，见下面“6.设置vtk的环境变量”

6. 设置环境变量

删掉/public/home/cfdem/LIGGGHTS/LIGGGHTS-PUBLIC/lib下的vtk文件夹，并输入

1 cfdemCompCFDEMall

重新编译完成之后，输入

1 vim ~/.bashrc

添加

######VTK

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/gpfsdata/home/cfdem/LIGGGHTS/LIGGGHTS-PUBLIC/lib/vtk/install/lib

保存并退出

1 source ~/.bashrc

分别输入下面命令编译CFDEM，

1 cfdemCompCFDEMsrc
2 
3 cfdemCompCFDEMsol
4 
5 cfdemCompCFDEMuti

 

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posted @ 2021-04-28 14:18  希望先生  阅读(477)  评论(0)  编辑  收藏  举报