如何安装R完成环境变量设置

0 说明

• 以 RScript 的形式运行 R 文件。
• 确定需要的包安装在环境变量对应的 R应用软件 上，否则会显示找不到。
• 推荐直接打开 R.exe 安装，而不是通过 Rstudio 安装。

1 安装R3.5.1

• if (已经安装)
  • 确定版本是否>3.5.1
  • 找到 安装路径 例如：G:\R-3.5.1\
• else
  • 去官网下载 windows mac
  • 安装并记录 安装路径

2 命令行运行R

• 打开 CMD 或者 Terminal
• 输入 R
• if (能够打开)
  • 说明环境变量设置正确
• else

  • 修改环境变量

    • if 系统 = mac
    • 打开 Terminal 输入

export PATH="/Users/YOURNAME/R-3.5.1/bin:$PATH"
```

    * __if__ (系统 = windows)
        * 搜索 环境变量 打开设置页面
            * __if__ (可以逐行修改)
                * 添加一行 输入 G:\R-3.5.1\bin\
            * __else__ 
                * 在原有的基础上添加;G:\R-3.5.1\bin\

3 安装BiocManager

• 打开 CMD 或者 Terminal
• 输入 R，进入R语言环境
  

install.packages("BiocManager")
```

• 弹出页面，选择中国的镜像
• if (安装错误)
  • 去 官网 下载，对应OS的安装包。找到 Windows binaries 或者 OS X binaries，下载 r-release。
  • 解压缩，里面是一个 BiocManager 文件夹。
  • 放到 安装路径/library 文件夹中

4 安装DECIPHER

BiocManager::install("DECIPHER")

• if (提示 Rcpp 或者 RSQLite 安装失败)
  • 重复安装直到成功

install.packages("RSQLite")

install.packages("Rcpp")

5 验证安装成功

• CMD 或者 Terminal 中打开 R。
  library(DECIPHER)