[Medical Image] raw文件转mha文件

raw格式#

在体数据（volume）中，经常会遇到raw文件，raw文件就是其实就是所有体素组成的文件，raw文件必须还有一些描信息才能用（因为得知道数据的size，type，spacing等），就像.mhd文件是对raw文件的一个描述。在医学数据处理中，经常使用mha文件格式来对数据进行处理，因为mha文件格式比较简单，而且包含了所有的基本图像信息（之前一篇有简单介绍）。所以本文要介绍将raw格式的文件转为mha格式。其实也不一定是raw文件，因为不论是什么后缀名，数据的内容都不会变化。

代码#

import SimpleITK as itk
import numpy as np
import os


def raw2mha(inpath,outpath,size,spacing,intype='uint16',outtype='uint16'):
    """
    parameter:
    inpath:raw file path
    outpath:raw out file path
    size:raw file size(z,y,x) such as (94,256,256)
    spacing:raw file pixel spacing.
    intype:raw file data type,default is uint16
    """
    #利用np从文件读取文件
    data = np.fromfile(inpath,dtype=intype)
    #reshape数据，这里要注意读入numpy的时候，对应是(z,y,x)
    data = data.reshape(size)
    #设置输出时的数据类型
    data = data.astype(outtype)
    #转成itk的image
    img:itk.Image = itk.GetImageFromArray(data)
    #设置pixel spacing
    img.SetSpacing(spacing)
    #输出文件
    s = itk.ImageFileWriter()
    s.SetFileName(outpath)
    s.Execute(img)

def main():
    filepath = "test.raw"
    datatype = 'uint16'
    size = (94,256,256)
    spacing = (0.97,0.97,2.5)
    outname = "test.mha"
    raw2mha(filepath,outname,size,spacing,datatype)
    
if __name__ == "__main__":
    main()

git#

博主建立了一个git库，会把平时用的，觉得可以复用的医学数据处理的代码放进去，现在还很空，慢慢积累吧。https://github.com/MangoWAY/medicalImageScriptDemo