更改Bam文件染色体名字

更改Bam文件染色体名字

本文作者：Sunny-King

发布时间：2022-08-19 10:53:42 星期五

本文链接：https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-Bam_reheader.html

最近遇到一个bam文件格式的问题,拿到的bam种染色体是1、2、3...不带chr的，而已知信息是chr1、chr2、等格式，为了同一个是，我们利用samtools将ban文件格式统一更改为chr1等格式。下面介绍一下具体实现过程。

一、添加chr

1、从原始ban种提取header

samtools view -H input.bam > header.sam

2、将header中的序列信息全部添加chr

sed '/^@SQ/{s/SN:\([0-9XY]\)/SN:chr\1/g;s/SN:MT/SN:chrM/g}' header.sam > new.header.sam

bam文件的header中@SQ开头的行用以存储序列信息，在更改时需匹配到@SQ，然后将核染色体添加chr，而线粒体由MT更改为chrM。

3、利用reheader重置bam文件的header，需注意，输入的header需用sam文件

samtools reheader new.header.sam input.bam > output.bam

二、去掉chr

去掉chr时步骤类似，秩序将第二步替换为下面命令即可

sed '/^@SQ/{s/SN:chr\([0-9XY]\)/SN:\1/g;s/SN:chrM/SN:MT/g}' header.sam